IDDF2023-ABS-0237 Characteristics of helicobacter pylori from mongolia where burdening high incidence of gastric cancer
Notice bibliographique
Résumé
Background Globally Mongolia is the top country in the incidence of gastric cancer followed by Japan and Korea which are East Asian countries. Helicobacter pylori (H. pylori) infection possessing East-Asian-type CagA is more associated with gastric carcinogenesis than Western-type CagA. The prevalence of H. pylori is around 70% in Mongolia; however, the previous study reported Mongolians infected with H. pylori possessing Western-type CagA. Therefore, we aimed to characterize Mongolian H. pylori infection based on a whole genome sequencing method. Methods Totally 130 strains are sequenced from Mongolian H. pylori isolates (20 gastric cancer and 110 non-cancer cases) and 401 data from 38 countries H. pylori whole genome data were extracted for the FineStructure analysis. The complete CagA gene and 7 housekeeping genes were extracted for constructing a phylogenetic tree. Results Based on whole genomic FineStructure analysis we found new H. pylori population named as HpMongolia among Mongolian gastric cancer and non-gastric cancer cases which are separately clustered among published global H. pylori populations (IDDF2023-ABS-0237-Figure 1. FineStructure analysis for H.pylori population). Complete CagA gene sequencing data showed that HpMongolia possessed with J-Western type cagA and it was the highest distribution of J-Western cagA positive H. pylori strains identified in Mongolia (67.7%) followed by Canada, North America (10%), and Okinawa, Japan (5.9%) among the published population (IDDF2023-ABS-0237-Figure 2. Global H.pylori phylogenetic tree based on 7-housekeeping genes). The phylogenetic tree constructed based on 7 housekeeping genes result showed the closest H. pylori population with HpMongolia is the HpAmerind which is isolated from native American people (IDDF2023-ABS-0237-Figure 3. H.pylori CagA genotyping map). Conclusions Mongolians provide new H. pylori population is named as HpMongolia which contains most of the cases Japanese-Western type cagA both for cancer and non-cancer cases. Therefore Japanese-Western type cagA might have advantageous for human migration study markers and further clinical implications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».