Fluctuations in Gut Microbiome Composition During Immune Checkpoint Inhibitor Therapy
Notice bibliographique
Résumé
Background: Immune checkpoint inhibitors (ICIs) such as programmed cell death protein-1 (PD-1) inhibitors or PD-1 ligand-1 (PD-L1) inhibitors have led to remarkable improvement in outcomes of non-small cell lung cancer (NSCLC). Unfortunately, the significant benefits of ICI therapy are frequently limited by resistance to treatment and adverse effects, and the predictive value of pre-treatment tumor tissue PD-L1 expression is limited. Development of less invasive biomarkers that could identify responders and non-responders in early on-treatment could markedly improve the treatment regimen. Accumulating evidence suggests that baseline gut microbiota profile is associated with response to PD-1/PD-L1 blockade therapy. However, change in the gut microbiome composition during PD-1/PD-L1 blockade therapy and its relation to response remain unclear. Methods: Here, we analyzed pre- and on-treatment fecal samples from five NSCLC patients receiving anti-PD-1 immunotherapy, alone or in tandem with chemotherapy, and performed 16S rRNA sequencing. Results: The overall alpha diversity of the baseline gut microbiome was similar between three responders and two non-responders. While the gut microbiome composition remained stable overall during treatment (R2 = 0.145), responders showed significant changes in microbiome diversity between pre- and on-treatment samples during anti-PD-1 therapy compared to non-responders (P = 0.0274). Within the diverse microbiota, responders showed decreases in the abundance of genera Odoribacter , Gordonibacter , Candidatus Stoquefichus , Escherichia-Shigella , and Collinsella , and increase in abundance of Clostridium sensu stricto 1 . In contrast, non-responders demonstrated on-treatment increases in genera Prevotella , Porphyromonas , Streptococcus , and Escherichia-Shigella , and decrease in abundance of Akkermansia . Conclusions: This pilot study identified a substantial change in gut microbiome diversity between pre- and on-treatment samples in NSCLC patients responding to anti-PD-1 therapy compared to non-responders. Our findings highlight the potential utility of gut microbiota dynamics as a noninvasive biomarker to predict response to PD-1/PD-L1 blockade therapy for a wide variety of malignancies, which sets a path for future investigation in larger prospective studies. World J Oncol. 2023;14(3):178-187 doi: https://doi.org/10.14740/wjon1587
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».