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Enregistrement W4380608025 · doi:10.1136/jmg-2022-109127

Dominant negative variants in <i>IKZF2</i> cause ICHAD syndrome, a new disorder characterised by immunodysregulation, craniofacial anomalies, hearing impairment, athelia and developmental delay

2023· article· en· W4380608025 sur OpenAlexafffund
Arezoo Mohajeri, Maryam Vaseghi‐Shanjani, Jill A. Rosenfeld, Gui Xiang Yang, Henry Y. Lu, Mehul Sharma, Susan Lin, Areesha Salman, Meriam A. Waqas, Mahshid S. Azamian, Kim C. Worley, Kate L. Del Bel, Frederick K. Kozak, Ronak Rahmanian, Catherine M. Biggs, Kyla J. Hildebrand, Seema R. Lalani, Sarah K. Nicholas, Daryl A. Scott, Sara Mostafavi, Clara van Karnebeek, Erika Henkelman, Jessica Halparin, Connie Yang, Linlea Armstrong, Stuart E. Turvey, Anna Lehman

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCongenital heart defects research
Établissements canadiensChildren's & Women's Health Centre of British ColumbiaBC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institutes of HealthGenome British ColumbiaCanadian Institutes of Health ResearchGenome CanadaNational Human Genome Research InstituteBC Children's HospitalJeffrey Modell Foundation
Mots-clésBiologyProbandGeneticsCraniofacialMissense mutationPhenotypeLoss functionHearing lossZinc fingerTranscription factorMutationGeneMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background Helios (encoded by IKZF2 ), a member of the Ikaros family of transcription factors, is a zinc finger protein involved in embryogenesis and immune function. Although predominantly recognised for its role in the development and function of T lymphocytes, particularly the CD4 + regulatory T cells (Tregs), the expression and function of Helios extends beyond the immune system. During embryogenesis, Helios is expressed in a wide range of tissues, making genetic variants that disrupt the function of Helios strong candidates for causing widespread immune-related and developmental abnormalities in humans. Methods We performed detailed phenotypic, genomic and functional investigations on two unrelated individuals with a phenotype of immune dysregulation combined with syndromic features including craniofacial differences, sensorineural hearing loss and congenital abnormalities. Results Genome sequencing revealed de novo heterozygous variants that alter the critical DNA-binding zinc fingers (ZFs) of Helios. Proband 1 had a tandem duplication of ZFs 2 and 3 in the DNA-binding domain of Helios (p.Gly136_Ser191dup) and Proband 2 had a missense variant impacting one of the key residues for specific base recognition and DNA interaction in ZF2 of Helios (p.Gly153Arg). Functional studies confirmed that both these variant proteins are expressed and that they interfere with the ability of the wild-type Helios protein to perform its canonical function—repressing IL2 transcription activity—in a dominant negative manner. Conclusion This study is the first to describe dominant negative IKZF2 variants. These variants cause a novel genetic syndrome characterised by immunodysregulation, craniofacial anomalies, hearing impairment, athelia and developmental delay.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,692
Score d'incertitude au seuil0,611

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,014
Tête enseignante GPT0,288
Écart entre enseignants0,274 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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