Performance of MassARRAY system for the detection of SARS-CoV-2 compared to real-time PCR
Notice bibliographique
Résumé
Background: Early identification of COVID-19 (coronavirus disease of 2019) by diagnostic tests played an important role in the isolation of infectious patients and management of this pandemic. Various methodologies and diagnostic platforms are available. The current "gold standard" for SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) diagnosis is real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR). To overcome the limitations posed by the short supply experienced early during the pandemic and to increase our capacity, we assessed the performance of the MassARRAY System (Agena Bioscience). Methods: MassARRAY System (Agena Bioscience) combines RT-PCR (reverse transcription-polymerase chain reaction) with high-throughput mass spectrometry processing. We compared the MassARRAY performance to a research-use-only E-gene/EAV (Equine Arteritis Virus) assay and RNA Virus Master PCR. Discordant results were tested with a laboratory-developed assay using the Corman et al. E-gene primers and probes. Results: 186 patient specimens were analyzed using the MassARRAY SARS-CoV-2 Panel. The performance characteristics were as follows: the positive agreement was 85.71%, 95% CI (78.12 - 91.45), and the negative agreement was 96.67%, 95% CI (88.47 - 99.59). 19/186 (10.2%) results were found to be discordant and assessed by a different assay with the exception of 1, where the sample was not available for repeat testing. 14 out of 18 agreed with the MassARRAY after testing with the secondary assay. The overall performance after discordance testing was as follows: the positive agreement was 97.3%, 95% CI (90.58 - 99.67), and the negative agreement was 97.14%, 95% CI (91.88 - 99.41). Conclusion: Our study demonstrates that the MassARRAY System is an accurate and sensitive method for SARS-CoV-2 detection. Following the discordant agreement with an alternate RT-PCR test, the performance was found to have sensitivity, specificity, and accuracy exceeding 97%, making it a viable diagnostic tool. It can be used as an alternative method during periods when real-time RT-PCR reagent supply chains are disrupted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».