Abstract 12775: The Major Contribution and Characteristics of Smooth Muscle Cell Foam Cells in Human Atherosclerotic Lesions Based on Flow Cytometry and Single Cell RNA Sequencing
Notice bibliographique
Résumé
Background and Aims: Smooth muscle cells (SMCs) comprise the majority of cells within human atherosclerotic intima. Our previous study of human coronary atherosclerosis found that ≥50% of foam cells are of SMC origin and not primarily of macrophage origin as previously thought. In a recent investigation we reported that ~70% of all foam cells in ApoE-/- mice fed a Western Diet for 6 weeks are SMC-derived. In the current investigation we utilized flow cytometry and single-cell RNA sequencing to study the contribution and characteristics of SMC-derived foam cells in human atherosclerotic plaques. Hypothesis: SMCs comprise the majority of foam cells in human atherosclerosis and SMC foam cells have a unique gene expression pattern compared to macrophage foam cells. Methods: Formalin-fixed coronary and aortic samples were digested, stained with the lipid dye BODIPY and CD45 antibody and separated into CD45+ (leukocyte) and CD45- (non-leukocyte) foam cell and non-foam cell populations using flow cytometry. Pieces of fresh human coronary artery with adventitia removed were subjected to gentle digestion and isolated cells used for single-cell RNA Sequencing (n=3) using 10X Genomics Chromium Single Cell 3’ Reagent Kits v3 Technology. Results: Flow cytometric analysis indicates that approximately 65% of total foam cells of human coronary and aortic atherosclerotic lesions are of non-leukocyte origin. Unsupervised Seurat-based clustering (R version 4.2.0) singled out multiple cell clusters including SMCs, leukocytes, and endothelial cells in all 3 samples. Combining data resulted in identification of 15 distinct clusters including 8 SMC clusters ranging from well-differentiated to varying degrees of dedifferentiation. Combining multiple markers identified by in vitro and in vivo studies of SMC foam cells we were able to identify 2 possible SMC foam cell clusters with gene expression patterns distinct from macrophage foam cells. Conclusions: Our findings further identify SMCs as the major contributors of foam cells in atherosclerosis, and provide novel tools to investigate the nature of SMC foam cells in human atherosclerosis and their responses to anti-atherosclerotic therapies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».