Relationships between polymorphisms in <i>EPHX2, CYP2J2, CYP2C9</i>, and CYP2C8, white matter hyperintensities, and regional atrophy
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background White matter hyperintensities (WMH) of presumed vascular origin commonly coincide with neurodegeneration. Previous studies reported heterogeneous relationships between WMH and atrophy. Cytochrome P450s CYP2J2, CYP2C8, and CYP2C9 are involved in the vascular ischemic response and soluble epoxide hydrolase (EPHX2) metabolizes its products, which have been implicated in vascular pathology. Here we investigate potential effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in these genes on WMH and atrophy. Method Patients with vascular cognitive impairment and/or neurodegenerative diagnoses were drawn from the Sunnybrook Dementia Study (NCT01800214), Vascular Brain Health (VBH) study, and the Brain‐Eye Amyloid Memory (BEAM) study. SNPs were genotyped using the Illumina Neurochip. Patients of European ancestry confirmed via principal components analysis were included. Variants in candidate genes were identified by variant IDs from dbSNP. Linkage‐disequilibrium‐based clumping on minor allele frequency (MAF) was applied via PLINK v1.9 (LD threshold: 0.2) to prioritize SNPs with higher MAF (removing SNPs with MAF<10%). Imaging (T1, T2/PD and FLAIR) was acquired at 3.0T for volumetric analysis using an in‐house segmentation (SABRE/Lesion Explorer). Linear regression models controlling for age, sex, Mini Mental State Exam, and head size were used to assess effects of the SNPs on WMH or atrophy, and effects of SNP×WMH interactions on atrophy in R. Genotypes were coded additively. Result Among included participants (n = 508, 71±11 years, 51% female), EPHX2 rs2741351 C/A (MAF = 16%) was associated with frontal (F = 3.54, p = 0.030), temporal (F = 5.86, p = 0.003), and global (F = 6.18, p = 0.002) atrophy. CYP2J2 C/T rs11572214 was associated with frontal (F = 3.99, p = 0.019) and global (F = 4.13, p = 0.017) atrophy. CYP2C8 rs11572174 G/A (MAF = 12%) was associated with deep WMH (F = 3.71, p = 0.025). EPHX2 rs2279591 C/T (MAF = 28%) moderated the association between periventricular WMH and temporal atrophy (F = 5.48, p = 0.004); CYP2C9 rs6583964 G/A (MAF = 47%) moderated the association between periventricular WMH and frontal atrophy (F = 3.74, p = 0.024); and CYP2J2 rs11572214 (MAF = 42%) moderated the association between deep WMH and temporal atrophy (F = 3.58, p = 0.029). Conclusion Genetic variation in the CYP450‐soluble epoxide hydrolase pathway was related to WMH and brain atrophy in people with cognitive impairment. The results suggest that this pathway may contribute to small vessel cerebrovascular disease, and to its impact on neurodegeneration.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».