Cholesterol‐related APOB Thr98Ile correlates with brain cortical APOB mRNA levels
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Apolipoprotein B (APOB) is well‐known for its role in cholesterol metabolism. We recently showed that APOB protein levels are elevated in the CSF of patients suffering from sporadic Alzheimer’s disease (AD) compared to control individuals (Picard et al, Alzheimers Dement. https://doi.org/10.1002/alz.12442 ). Since rare coding APOB variants were discovered in association with early‐onset familial Alzheimer’s disease (Wingo et al, JAMA Neurol. 2019), we hypothesized that common APOB variants could influence molecular mechanisms leading to sporadic AD. Method Publicly available genomic and transcriptomic data were screened for possible interactions between APOB single nucleotide polymorphisms (SNPs) and brain APOB mRNA levels. Potential regulatory SNPs were contrasted with blood cholesterol levels obtained from the Global Lipids Genetics Consortium (GLGC), in order to highlight their systemic effects. Brain tissue cholesterol levels were measured in frontal cortices of autopsy‐confirmed controls and AD subjects from the Douglas‐Bell Canada Brain Bank (DBCBB) using high performance liquid chromatography (HPLC). DNA extracted from those samples was used to perform APOB locus genotyping with the help of the Illumina Global Screening Array (GSA) chip. Result The APOB Thr98Ile variant commonly associated with familial hypercholesterolemia was found to correlate with a significant reduction of brain cortical APOB mRNA levels in three different cohorts. In GLGC cohort, this SNP strongly associates with elevated LDL‐cholesterol levels measured from blood samples of 188 578 individuals (p = 9.48E‐183). Our preliminary analysis shows that APOB Thr98Ile also correlates with elevated cholesterol levels (r2 = 0.36; p < 0.005) measured in brain cortical samples. Using public databases with available genotypic and AD‐related neuropathological data, inconsistent associations were found between APOB Thr98Ile variant and sporadic AD pathophysiological changes in the brain. Ongoing studies in our laboratory are examining the impact of APOB Thr98Ile variant on APOB mRNA and protein levels in relation to classical AD pathological markers in a large group of AD and control subjects. Conclusion Although APOB Thr98Ile is significantly associated with gene regulation and cholesterol levels measured in blood and brain samples, its effect on AD neuropathology remains to be clearly defined and is the subject of current investigations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».