Beyond vacuolar pathology: Multiomic profiling of Danon disease reveals dysfunctional mitochondrial homeostasis
Notice bibliographique
Résumé
Figure S1: Visual representation of the interaction network of dysregulated proteins. String analysis was carried out separately for increased and decreased proteins. Increased proteins (left panel) show a strong functional interdependence for mitochondrial proteins, whereas decreased proteins (right) form a cluster of proteins involved in protein translation and degradation. The interaction network was built with String 10 DB. Figure S2: (A) Protein investigation: DD-patients (n=2) versus Controls (n=3) => 1,606 unique proteins included from which on average 2 or more peptides were identified in the DD-patient as well as in the control group. Rows are centered; unit variance scaling is applied to rows. Both rows and columns are clustered using correlation distance and average linkage. For all proteins an average of at least 2 peptides had to be identified in each sample. 184 rows, 5 columns, T-test between DD-patients and Controls p<0.05 (B) mRNA investigation: DD-patients (n=2) versus Controls (n=4) => 14,334 mRNA species included. Rows are centered; unit variance scaling is applied to rows. Both rows and columns are clustered using correlation distance and average linkage. 543 rows, 6 columns. FPKM>0.1, T-test between DD-patients and Controls p<0.001. Figure S3: Co-localization of mitochondria with the activated p62-pathway. Immunofluorescence with co-localization (yellow) of mitochondrial protein COX-II (red) and p62 (SQSTM1; green). DAPI staining of nuclei in blue (magnification x400). Table S1. Supporting Information Table S2. Supporting Information Table S3. Supporting Information Table S4. Supporting Information Table S5. Supporting Information Table S6. Supporting Information Please note: The publisher is not responsible for the content or functionality of any supporting information supplied by the authors. Any queries (other than missing content) should be directed to the corresponding author for the article.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».