Consensus harmonization of brain‐secreted extracellular vesicles isolation and validation protocols for blood biomarker work in Alzheimer’s disease: An international overview
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Isolation of brain‐secreted extracellular vesicles (BEVs) from blood, provides a novel, minimally invasive way to sample brain tissue in individuals along the Alzheimer’s disease (AD) continuum. BEVs in blood demonstrate enormous potential to serve as a novel AD biomarker discovery platform and treatment tool. However, at present, BEV isolation and validation protocols vary from center to center. Given the growing popularity of immunoprecipitation (IP)‐based BEV isolation methods, we assessed the brain‐specificity of reported cell‐surface and cargo proteins associated with this category of methods. Method We performed a systematic evaluation of BEV isolation and validation protocols from 34 published articles investigating biomarker potential of blood‐isolated BEVs in AD. Proteins used for polyethylene glycol‐based precipitation followed by IP‐capture BEV isolation, or as BEV biomarker candidates, were compiled. The proteins were categorized by brain specificity, abundance, extracellular accessibility and extracellular vesicles presence by examining their expression from publicly available datasets in over 60 human tissue types, including 13 central nervous system (CNS) regions and 48 peripheral tissues. Result We compiled 68 unique IP or biomarker protein candidates. Analyses demonstrated that of these, 22 had extracellular domains (that could be used for BEV isolation), 7 were membrane proteins lacking extracellular domains, and the remaining were intracellular proteins. Moreover, >50% of the compiled proteins were present in extracellular vesicle datasets, >20% were considered highly CNS specific, and ∼60% demonstrated moderate‐to‐high CNS abundance (Fig.1). Furthermore, in addition to confirming that some proteins widely used for IP‐based BEV isolation are CNS‐enriched (e.g., L1CAM, Fig. 1B), we also identified, at least, 5 additional proteins with higher CNS abundance and specificity, extracellular domains, and known to be present in extracellular vesicles. Conclusion Consensus harmonization of BEV isolation and validation protocols are essential steps in blood‐isolated BEV biomarker work in AD, and is advocated by the Alzheimer’s Association BBB‐PIA. This harmonization of BEV protocols is crucial, given the growing interest in developing minimally‐invasive AD biomarker discovery tools, and the increasing number of researchers worldwide conducting BEV biomarker work. Moreover, the additional proteins identified by the EWG‐BBB‐PIA will lead to better IP‐based BEV isolation from blood.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,173 | 0,094 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,010 | 0,006 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,003 |
| Communication savante | 0,006 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,011 | 0,008 |
| Intégrité de la recherche | 0,005 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».