Cross‐species evidence of differential expression of S100A6 and SLC11A1 in the hippocampus of Alzheimer’s disease patients and mouse models
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background The evaluation of similarities and differences between mouse models and human Alzheimer’s disease (AD) provides invaluable insights on disease pathophysiology. We compared hippocampal transcriptomic profiles of human late‐onset AD (LOAD) and early‐onset AD (EOAD) individuals with three mouse models (hAβ‐KI, APP/PS1 and 5xFAD) in an exploratory analysis. Afterwards, we validated the intersection of genes consistently altered in all groups using hippocampal tissue from APP/PS1 mice, and EOAD and LOAD patients. Methods Five publicly available human AD/cognitively unimpaired (CU) transcriptomic profiles were collected from GEO ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ ), merged and submitted to differential expression analysis (DEA) using R. APP/PS1 mouse model RNAseq data from two datasets (GSE149661 and GSE145907) were also collected. Finally, RNAseq data of 5xFAD and hAβ‐KI mouse models were obtained from AMP‐AD Knowledge Portal ( https://www.synapse.org/ ) using synapser and synapserutils packages. All animal models were also submitted to DEA. Validation of selected genes was performed by qRT‐PCR. Target mRNA levels were normalized using β‐actin as a housekeeper gene. The results were expressed relative to wild‐type (WT) animals or CU controls using the 2−ΔΔCt method. Results DEA identified 1164, 3261 and 1782 differentially expressed genes (DEGs) for the comparisons between hAβ‐KI, 5xFAD and APP/PS1 mutants versus WT controls, respectively. hAβ‐KI, APP/PS1, and 5xFAD mice exhibited more DEGs in common with LOAD than with EOAD patients. Interestingly, APP/PS1 and 5xFAD mice also presented more DEGs in common with LOAD than with EOAD patients. However, 5xFAD showed significantly higher DEGs intersection with EOAD than with hAβ‐KI and APP/PS1. Additionally, we identified S100A6, C1QB, SST, CD14, CD33, SLC11A1 and KCNK1 genes altered in both EOAD and LOAD as well as the three mouse models evaluated. qRT‐PCR analysis of these genes in EOAD, LOAD and APP/PS1 model revealed S100A6 and SLC11A1 consistently altered in human pathology and mouse model. Conclusion Animal models seek to better simulate AD pathology, making the evaluation of their molecular overlap with human disease greatly important. S100A6, a calcium‐binding protein modulating several biological activities, and SLC11A1, a metal transporter associated with inflammatory processes, were consistently altered in our transcriptomics exploratory analyses and experimental validation, making them promising targets for further investigation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».