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Enregistrement W4380989649 · doi:10.1016/j.jmii.2023.06.002

Implication of myddosome complex genetic variants in outcome severity of COVID-19 patients

2023· article· en· W4380989649 sur OpenAlexaff
Laura E. Martínez-Gómez, Carlos Martínez-Armenta, Daniel Medina-Luna, María Luisa Ordóñez-Sánchez, Tere Tusie-Luna, Silvestre Ortega‐Peña, Brígida Herrera-López, Carlos Suárez-Ahedo, Guadalupe Elizabeth Jiménez-Gutiérrez, Alberto Hidalgo‐Bravo, Paola Vázquez-Cárdenas, Rosa P. Vidal-Vázquez, Juan Pablo Ramírez-Hinojosa, Pilar Miyoko Martinez Matsumoto, Gilberto Vargas‐Alarcón, Rosalinda Posadas‐Sánchez, José Manuel Fragoso, Felipe de J. Martínez-Ruiz, Dulce M. Zayago-Angeles, Mónica Maribel Mata-Miranda, Gustavo Jesús Vázquez-Zapién, Adriana Martínez-Cuazitl, Javier Andrade-Alvarado, Julio Granados, Luis Ramos, María del Carmen Camacho-Rea, Yayoi Segura-Kato, José Manuel Rodrı́guez-Pérez, Roberto Coronado‐Zarco, Rafael Franco‐Cendejas, Luis Esaú López-Jácome, Jonathan J. Magaña, Marcela Vela‐Amieva, Carlos Pineda, Gabriela Angélica Martínez‐Nava, Alberto López-Reyes

Notice bibliographique

RevueJournal of Microbiology Immunology and Infection · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueImmune Response and Inflammation
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesConsejo Nacional de Ciencia y Tecnología
Mots-clésCoronavirus disease 2019 (COVID-19)2019-20 coronavirus outbreakSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Outcome (game theory)MedicineInternal medicineVirologyMathematicsOutbreakDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND/PURPOSE(S): During a viral infection, the immune response is mediated by the toll-like receptors and myeloid differentiation Factor 88 (MyD88) that play an important role sensing infections such as SARS-CoV-2 which has claimed the lives of more than 6.8 million people around the world. METHODS: We carried out a cross-sectional with a population of 618 SARS-CoV-2-positive unvaccinated subjects and further classified based on severity: 22% were mild, 34% were severe, 26% were critical, and 18% were deceased. Toll Like Receptor 7 (TLR7) single-nucleotide polymorphisms (rs3853839, rs179008, rs179009, and rs2302267) and MyD88 (rs7744) were genotyped using TaqMan OpenArray. The association of polymorphisms with disease outcomes was performed by logistic regression analysis adjusted by covariates. RESULTS: A significant association of rs3853839 and rs7744 of the TLR7 and MyD88 genes, respectively, was found with COVID-19 severity. The G/G genotype of the rs3853839 TLR7 was associated with the critical outcome showing an Odd Ratio = 1.98 (95% IC = 1.04-3.77). The results highlighted an association of the G allele of MyD88 gene with severe, critical and deceased outcomes. Furthermore, in the dominant model (AG + GG vs. AA), we observed an Odd Ratio = 1.70 (95% CI = 1.02-2.86) with severe, Odd Ratio = 1.82 (95% CI = 1.04-3.21) with critical, and Odd Ratio = 2.44 (95% CI = 1.21-4.9) with deceased outcomes. CONCLUSION: To our knowledge this work represents an innovative report that highlights the significant association of TLR7 and MyD88 gene polymorphisms with COVID-19 outcomes and the possible implication of the MyD88 variant with D-dimer and IFN-α concentrations.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,607
Score d'incertitude au seuil0,539

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,282
Écart entre enseignants0,261 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations12
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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