P62 African-specific IBD susceptibility loci previously identified in African Americans are reflected in patients with IBD in Zambia
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Scarcity of IBD in sub-Saharan Africa may reflect both differing population genetic disposition and exposure to environmental factors, however, little data relating to this has been published to date. Our aim was to perform genetic analyses of IBD in Zambian subjects. Methods Saliva was collected in Oragene DNA collection tubes (DNAGenotek, Ottawa, Canada) from IBD cases and controls in the GI clinic of a tertiary hospital in Zambia and stored at 4C. DNA was extracted using the NucleoSpin Tissue kit (Macherey-Nagel) and genotyped using the H3Africa Consortium Array (Illumina). Genetic association for genotyped and imputed SNPs case-control binary variable was performed using logistic regression including principal components for population sub-structure as covariates (PLINKv1.9). Variant effect prediction and functional analysis were performed using the Ensembl platform and ClueGO software. Results Genotyping was performed on 16 cases (14 UC, 2 Crohn’s) and 29 controls. Variants were present on LSAMP and ELMO1 which have previously been described as novel risk loci for UC and IBD respectively in African American cohorts.1 2 A variant on IL23R (rs790631:G>A, allele frequency 8.6% cases and 25% controls, (p=3.44 x10-2, OR 0.283)) has previously been associated with increased risk of Crohn’s in a Caucasian population.3 No variants on NOD2, ATG16L1 or CARD9 were present. The SNP with the strongest association with IBD (OR 9.51) was rs3763236:G>A (allele frequency 63.8% cases and 15.6% controls), an intron variant on CNPY3, which encodes a toll-like receptor-specific chaperone protein and has not previously been identified as a risk locus for IBD. Functional pathway analysis (figure 1) shows pathways with significant enrichment which included Type 1 diabetes and the extra-cellular matrix which have previously been implicated in IBD. Conclusions IBD risk loci that have previously been identified as African specific in African American cohorts are reflected in this small cohort of sub-Saharan African patients. These findings suggest that additional and larger studies are needed to determine the genetic architecture of under researched populations in which IBD is emerging. References Brant SR, Okou DT, Simpson CL, Cutler DJ, Haritunians T, Bradfield JP, et al. Genome-wide association study identifies African-specific susceptibility loci in African Americans with inflammatory bowel disease. Gastroenterology. 2017;152(1):206–17.e2. Cordero RY, Cordero JB, Stiemke AB, Datta LW, Buyske S, Kugathasan S, et al. Trans-ancestry, bayesian meta-analysis discovers 20 novel risk loci for inflammatory bowel disease in an African American, East Asian, and European cohort. Hum Mol Genet. 2022. Taylor KD, Targan SR, Mei L, Ippoliti AF, McGovern D, Mengesha E, et al. IL23R haplotypes provide a large population attributable risk for Crohn’s disease. Inflamm Bowel Dis. 2008;14(9):1185–91.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».