Detection of joining points for genomic DNA circularization in cell culture
Notice bibliographique
Résumé
We previously reported on extrachromosomal circular DNA extracted from mouse brain. We attempted to reconfirm the formation of circular DNA from this region in a culture system. From a circular DNA-enriched fraction of a mouse embryonic tumor-derived cell line capable of inducing neuronal differentiation, circular DNA in the same region was isolated by nested inverse polymerase chain reaction as performed previously. We attempted to amplify and identify some junctions that were evidence of circularization. In this analysis, we captured several junctions that indicated circularization in cultured cells induced to differentiate into neurons. We observed that some of the sequences shared the same point of attachment, indicating that there exist genomic sequences that are amenable to binding toward circularization. Cells were X-ray-irradiated to determine whether any transformation occurred in DNA circularization. Consequently, circularization junctions occurred after differentiation-induced stimulation and before and after X-ray irradiation. This finding indicated that circularization junctions can be formed from this region without being inhibited by X-ray irradiation and irrespective of cell differentiation stage. Furthermore, the presence of circular DNA was confirmed in which genomic fragments from different chromosomes were replaced. These findings suggest that extrachromosomal circular DNA contributes to the interchromosomal translocation of genomic fragments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».