Characterization of cerebrospinal fluid (CSF) microbiota at the time of initial surgical intervention for children with hydrocephalus
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: To characterize the microbiota of the cerebrospinal fluid (CSF) from children with hydrocephalus at the time of initial surgical intervention. STUDY DESIGN: CSF was obtained at initial surgical intervention. One aliquot was stored in skim milk-tryptone-glucose-glycerol (STGG) medium and the second was unprocessed; both were then stored at -70°C. Bacterial growth for CSF samples stored in STGG were subsequently characterized using aerobic and anaerobic culture on blood agar and MALDI-TOF sequencing. All unprocessed CSF samples underwent 16S quantitative polymerase chain reaction (qPCR) sequencing, and a subset underwent standard clinical microbiological culture. CSF with culture growth (either after storage in STGG or standard clinical) were further analyzed using whole-genome amplification sequencing (WGAS). RESULTS: 11/66 (17%) samples stored in STGG and 1/36 (3%) that underwent standard clinical microbiological culture demonstrated bacterial growth. Of the organisms present, 8 were common skin flora and 4 were potential pathogens; only 1 was also qPCR positive. WGAS findings and STGG culture findings were concordant for only 1 sample, identifying Staphylococcus epidermidis. No significant difference in time to second surgical intervention was observed between the STGG culture-positive and negative groups. CONCLUSION(S): Using high sensitivity methods, we detected the presence of bacteria in a subset of CSF samples at the time of first surgery. Therefore, the true presence of bacteria in CSF of children with hydrocephalus cannot be ruled out, though our findings may suggest these bacteria are contaminants or false positives of the detection methods. Regardless of origin, the detection of microbiota in the CSF of these children may not have any clinical significance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».