Exploring Proton-Only NMR Experiments and Filters for Daphnia In Vivo: Potential and Limitations
Notice bibliographique
Résumé
Environmental metabolomics provides insight into how anthropogenic activities have an impact on the health of an organism at the molecular level. Within this field, in vivo NMR stands out as a powerful tool for monitoring real-time changes in an organism’s metabolome. Typically, these studies use 2D 13C-1H experiments on 13C-enriched organisms. Daphnia are the most studied species, given their widespread use in toxicity testing. However, with COVID-19 and other geopolitical factors, the cost of isotope enrichment increased ~6–7 fold over the last two years, making 13C-enriched cultures difficult to maintain. Thus, it is essential to revisit proton-only in vivo NMR and ask, “Can any metabolic information be obtained from Daphnia using proton-only experiments?”. Two samples are considered here: living and whole reswollen organisms. A range of filters are tested, including relaxation, lipid suppression, multiple-quantum, J-coupling suppression, 2D 1H-1H experiments, selective experiments, and those exploiting intermolecular single-quantum coherence. While most filters improve the ex vivo spectra, only the most complex filters succeed in vivo. If non-enriched organisms must be used, then, DREAMTIME is recommended for targeted monitoring, while IP-iSQC was the only experiment that allowed non-targeted metabolite identification in vivo. This paper is critically important as it documents not just the experiments that succeed in vivo but also those that fail and demonstrates first-hand the difficulties associated with proton-only in vivo NMR.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».