Early divergence and gene exchange highways in the evolutionary history of <i>Mesoaciditogales</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The placement of a non-hyperthermophilic order Mesoaciditogales at the base of Thermotogota tree challenges the prevailing hypothesis that the last common ancestor of Thermotogota was a hyperthermophile. Yet, given the long branch leading to the only two Mesoaciditogales described to-date, the phylogenetic position of the order may be due to the long branch attraction artifact. By testing various models and applying data recoding in phylogenetic reconstructions, we observed that Mesoaciditogales ’ basal placement is strongly supported by the conserved marker genes assumed to be vertically inherited. However, based on the taxonomic content of 1,181 gene families and a phylogenetic analysis of 721 gene family trees, we also found that a substantial number of Mesoaciditogales genes are more closely related to species from the order Petrotogales . These genes contribute to coenzyme transport and metabolism, fatty acid biosynthesis, genes known to respond to heat and cold stressors, and include many genes of unknown functions. The Petrotogales comprise moderately thermophilic and mesophilic species with similar temperature tolerances to that of Mesoaciditogales . Our findings hint at extensive horizontal gene transfer between, or parallel independent gene gains by, the two ecologically similar lineages, and suggest that the exchanged genes may be important for adaptation to comparable temperature niches. Significance The high-temperature phenotype is often referenced when conjecturing about characteristics of the last common ancestor of all present-day organisms. Such inferences rely on accuracy of phylogenetic trees, especially with respect to lineages that branch closest to the last common ancestor. Here, we examined evolutionary history of Mesoaciditogales , an early-branching lineage within Thermotogota phylum, which is one of the early-diverging groups of bacteria. Thermotogota is composed of thermophiles, hyperthermophiles and mesophiles, who collectively can grow between 20 to 90 degrees Celsius, making it challenging to infer the growth temperature of their common ancestor. Our analysis revealed a complex evolutionary history of Mesoaciditogales’ genome content impacted by horizontal gene transfer, highlighting the challenges of ancestral phenotype inferences using present-day genomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».