Author response: RNA Polymerase II transcription independent of TBP in murine embryonic stem cells
Notice bibliographique
Résumé
Transcription by RNA Polymerase II (Pol II) is initiated by the hierarchical assembly of the pre-initiation complex onto promoter DNA.Decades of research have shown that the TATA-box binding protein (TBP) is essential for Pol II loading and initiation.Here, we report instead that acute depletion of TBP in mouse embryonic stem cells has no global effect on ongoing Pol II transcription.In contrast, acute TBP depletion severely impairs RNA Polymerase III initiation.Furthermore, Pol II transcriptional induction occurs normally upon TBP depletion.This TBP-independent transcription mechanism is not due to a functional redundancy with the TBP paralog TRF2, though TRF2 also binds to promoters of transcribed genes.Rather, we show that the TFIID complex can form and, despite having reduced TAF4 and TFIIA binding when TBP is depleted, the Pol II machinery is sufficiently robust in sustaining TBP-independent transcription. Editor's evaluationThis important study employs auxin-induced degradation to provide compelling evidence that the TATA-binding protein (TBP) is not required for ongoing RNA polymerase II transcription nor heatshock or retinoic acid-induced transcription in murine embryonic stem cells, but is essential for RNA polymerase III transcription.Furthermore, the study shows that TBP-independent TFIID complexes are assembled and present at the transcription start sites of polymerase II-transcribed promoters.This work will be of broad general interest to the regulation of gene expression field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,098 | 0,039 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».