Exploring the Interaction between Local and Global Latent Configurations for Clustering Single-Cell RNA-Seq: A Unified Perspective
Notice bibliographique
Résumé
The most recent approaches for clustering single-cell RNA-sequencing data rely on deep auto-encoders. However, three major challenges remain unaddressed. First, current models overlook the impact of the cumulative errors induced by the pseudo-supervised embedding clustering task (Feature Randomness). Second, existing methods neglect the effect of the strong competition between embedding clustering and reconstruction (Feature Drift). Third, the previous deep clustering models regularly fail to consider the topological information of the latent data, even though the local and global latent configurations can bring complementary views to the clustering task. To address these challenges, we propose a novel approach that explores the interaction between local and global latent configurations to progressively adjust the reconstruction and embedding clustering tasks. We elaborate a topological and probabilistic filter to mitigate Feature Randomness and a cell-cell graph structure and content correction mechanism to counteract Feature Drift. The Zero-Inflated Negative Binomial model is also integrated to capture the characteristics of gene expression profiles. We conduct detailed experiments on real-world datasets from multiple representative genome sequencing platforms. Our approach outperforms the state-of-the-art clustering methods in various evaluation metrics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».