Complete chloroplast genome sequence of Camellia sinensis: genome structure, adaptive evolution, and phylogenetic relationships
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The chloroplast (cp) genome holds immense potential for a variety of applications including species identification, phylogenetic analysis, and evolutionary studies. In this study, we utilized Illumina NovaSeq 6000 to sequence the DNA of Camellia sinensis L. cultivar ‘Zhuyeqi’ , followed by the assembly of its chloroplast genome using SPAdes v3.10.1, with subsequent analysis of its features and phylogenetic placement. The results showed that the cp genome of Zhuyeqi was 157,072 bp, with a large single copy- region (LSC, 86,628 bp), a small single copy- region (SSC, 18,282 bp), and two inverted repeat regions (IR, 26,081 bp). The total AT and GC contents of the cp genome of Zhuyeqi were observed to be 62.21% and 37.29%, respectively. Thecp genome encoded 135 unique genes, including 90 protein-coding genes (CDS), 37 tRNA genes, and 8 rRNA genes. Moreover, 31 codons and 247 simple sequence repeats (SSRs) were identified. The cp genomes of Zhuyeqi was found to be relatively conserved, with particular conservation observed in the IR region, which showed no evidence of inversions or rearrangements.The five regions with the largest variations were identified, with four regions (rps12, rps19, rps16, and rpl33) located in the LSC region and one divergent region (trnI-GAU) in the IR region. Phylogenetic analysis revealed that Camellia sinensis(KJ996106.1) was closely related to Zhuyeqi, indicating a close phylogenetic relationship between these two species. These findings could provide important genetic information for further research into breeding of tea tree, phylogeny and evolution of Camellia sinensis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».