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Enregistrement W4382516068 · doi:10.1101/2023.06.26.23291885

Targeting hepatitis B vaccine escape using immunogenetics in Bangladeshi infants

2023· preprint· en· W4382516068 sur OpenAlexafffund
Guillaume Butler‐Laporte, Kathryn Auckland, Zannatun Noor, Mamun Kabir, Masud Alam, Tommy Carstensen, Genevieve L. Wojcik, Amanda Y. Chong, Cristina Pomilla, Janelle A. Noble, Shana L. McDevitt, Gaby Smits, Susan Wareing, Fiona van der Klis, Katie Jeffery, Beth D. Kirkpatrick, Sodiomon B. Sirima, Shabir A. Madhi, Alison M. Elliott, J. Brent Richards, Adrian V. S. Hill, Priya Duggal, Manjinder S. Sandhu, Rashidul Haque, William A. Petri, Alexander J. Mentzer

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueHepatitis B Virus Studies
Établissements canadiensMcGill UniversityJewish General HospitalMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilFonds de Recherche du Québec - SantéNational Institute for Health and Care ResearchJewish General HospitalPublic Health AgencyCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthPublic Health Agency of CanadaCancer Research UKBiomedical Research CouncilRoyal College of Physicians and Surgeons of CanadaWellcome TrustEuropean CommissionBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésImmunogenicityVirologyHepatitis B virusEpitopeAntigenBiologyHuman leukocyte antigenImmunologyImmunogeneticsAntibodyAntibody responseHepatitis BVirusMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Hepatitis B virus (HBV) vaccine escape mutants (VEM) are increasingly described, threatening progress in control of this virus worldwide. Here we studied the relationship between host genetic variation, vaccine immunogenicity and viral sequences implicating VEM emergence. In a cohort of 1,096 Bangladeshi children, we identified human leukocyte antigen (HLA) variants associated with response vaccine antigens. Using an HLA imputation panel with 9,448 south Asian individuals DPB1*04:01 was associated with higher HBV antibody responses (p=4.5×10 −30 ). The underlying mechanism is a result of higher affinity binding of HBV surface antigen epitopes to DPB1*04:01 dimers. This is likely a result of evolutionary pressure at the HBV surface antigen ‘a-determinant’ segment incurring VEM specific to HBV. Prioritizing pre-S isoform HBV vaccines may tackle the rise of HBV vaccine evasion. One-Sentence Summary Host genetics underlying hepatitis B vaccine response in Bangladeshi infants identifies mechanisms of viral vaccine escape, and how to prevent it.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,015

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,053
Tête enseignante GPT0,317
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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