Snow crab (Chionoecetes opilio) hemocytes and hepatopancreas transcriptomes: identification, validation, and application of immune-relevant biomarkers of exposure to noise
Notice bibliographique
Résumé
The snow crab ( Chionoecetes opilio ) fishery off the east coast of Newfoundland and Labrador, Canada, has been impacted by annual seismic oil and gas surveying in recent decades, and commercial crab harvesters are concerned that it could potentially affect this resource. A laboratory study was performed to investigate the effects of chronic noise exposure on the transcriptomes of snow crab hemocytes and hepatopancreas, which are important in immunity, metabolism and response to environmental stress. Snow crab were held in replicate control or experimental tanks; on alternating days, the experimental tanks were exposed to noise from an underwater speaker which played a recording of a seismic airgun firing every 10 sec in a continuous loop for ~ 22 weeks (chronic noise). RNA sequencing was used to identify candidate noise-responsive molecular biomarkers in both hemocytes and hepatopancreas. The quantified transcripts of individuals (i.e. n=10 from each of the four groups) were compared using DESeq2, identifying over 300 noise-responsive transcripts in each cell/tissue type. Real-time quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assays were designed and run for 61 of these transcripts with significant BLASTx hits. One transcript ( rgs2 ) was significantly (p < 0.05) higher expressed in both hemocytes and hepatopancreas in response to noise; five and seven other transcripts were either significant or showed a non-significant trend of differential expression (0.05 < p ≤ 0.1) in hemocytes (e.g. cfb upregulated, sacs and myof downregulated) and hepatopancreas (e.g. gpx3 and atf3 upregulated, sult1c4 downregulated), respectively. To further investigate the performance and utility of these candidate biomarkers in the field, expression levels of 25 selected transcripts were then examined in the hepatopancreas of snow crab that had been subjected to 2D and 3D seismic surveying using both qPCR and multivariate statistical analyses. Overall, few of these biomarkers showed consistent results in field-collected snow crab, highlighting the need to combine lab and field-based studies to fully evaluate the utility of biomarkers. Nonetheless, our study still identified noise-responsive biomarkers in both settings (including stress and immune relevant genes), providing valuable information for understanding the impact of ocean noise on snow crab physiology and health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».