Structural characterization of the Sel1-like repeat protein LceB from <i>Legionella pneumophila</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Legionella are freshwater Gram-negative bacteria that in their normal environment infect protozoa. However, this adaptation also allows Legionella to infect human alveolar macrophages and cause pneumonia. Central to Legionella pathogenesis are more than 330 secreted effectors, of which there are 9 core effectors that are conserved in all pathogenic species. Despite their importance, the biochemical function of several core effectors remains unclear. To address this, we have taken a structural approach to characterize the core effector of unknown function LceB, or Lpg1356, from Legionella pneumophila. Here we solve an X-ray crystal structure of LceB using an AlphaFold model for molecular replacement. The experimental structure shows that LceB adopts a Sel1-like repeat fold as predicted. However, the crystal structure captured multiple conformations of LceB all of which differed from the AlphaFold model. Comparison of the predicted model and the experimental models suggests that LceB is highly flexible in solution. Additionally, molecular analysis of LceB using its close structural homologues reveals sequence and structural motifs of known biochemical function. Specifically, LceB harbors a repeated KAAEQG motif that both stabilizes the Sel1-like repeat fold and is known to participate in protein-protein interactions with eukaryotic host proteins. We also observe that LceB forms several higher-order oligomers in solution. Overall, our results have revealed that LceB has conformational flexibility, self-associates, and contains a molecular surface for binding a target host-cell protein. Additionally, our data provides structural insights into the Sel1-like repeat family of proteins that remain poorly studied.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».