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Enregistrement W4383197277 · doi:10.1016/j.xplc.2023.100646

Dissection of a rapidly evolving wheat resistance gene cluster by long-read genome sequencing accelerated the cloning of Pm69

2023· article· en· W4383197277 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevuePlant Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueWheat and Barley Genetics and Pathology
Établissements canadiensUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesEuropean Regional Development FundUniversity of HaifaIsrael Science FoundationGenome CanadaUnited States - Israel Binational Science FoundationU.S. Department of AgricultureCouncil for Higher EducationUnited States-Israel Binational Science FoundationNational Science Foundation
Mots-clésBiologyGeneticsContigPositional cloningGenomeGeneCloning (programming)ChromosomeMutant

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Gene cloning in repeat-rich polyploid genomes remains challenging. Here, we describe a strategy for overcoming major bottlenecks in cloning of the powdery mildew resistance gene (R-gene) Pm69 derived from tetraploid wild emmer wheat. A conventional positional cloning approach was not effective owing to suppressed recombination. Chromosome sorting was compromised by insufficient purity. A Pm69 physical map, constructed by assembling Oxford Nanopore Technology (ONT) long-read genome sequences, revealed a rapidly evolving nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) R-gene cluster with structural variations. A single candidate NLR was identified by anchoring RNA sequencing reads from susceptible mutants to ONT contigs and was validated by virus-induced gene silencing. Pm69 is likely a newly evolved NLR and was discovered in only one location across the wild emmer wheat distribution range in Israel. Pm69 was successfully introgressed into cultivated wheat, and a diagnostic molecular marker was used to accelerate its deployment and pyramiding with other R-genes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,736
Score d'incertitude au seuil0,260

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,056
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,200 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle