Phenotypic and genomic insights into population differentiation, introgression, and selection in Quercus rubra across a narrow but steep environmental gradient
Notice bibliographique
Résumé
Adaptive differentiation in functional traits and their underlying loci can occur across a small geographic area if natural selection is stronger than the countervailing effects of gene flow and drift. We investigated this hypothesis in a long-lived, wind-pollinated species, Quercus rubra, across a fine spatial scale with a steep climate gradient. We examined phenotypic differentiation in a common garden study with eight populations sampled 0-160 km from the coast of Lake Superior. We estimated genomic differentiation for these and 22 additional populations from the same region, along with two populations of a congener, Quercus ellipsoidalis , using RAD-seq. We found a strong signal of population differentiation associated with climate in the common garden study, and differentiation was significantly associated with at least one climate factor for nine of ten measured traits. At the genomic level, we discovered widespread introgression from Q. ellipsoidalis into Q. rubra that increased with distance from the lake. Pairwise F ST among Q. rubra populations was low, but both distance-based and environmental association analyses identified loci under selection, with one locus in common across all analyses (CalS10/GSL8) . This locus was associated with the precipitation of the driest month, a climate factor that was also significant in the common garden analyses. In sum, this study reveals signatures of selection at the phenotypic and genomic level consistent with climate adaptation, a pattern that is usually seen across a much broader geographic scale.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».