Towards establishing a 24-hour, microplate-based, transcriptomics assay for rainbow trout embryos
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT There is interest in the development of early-life stage (ELS) tests with fish embryo models that are high-throughput and can generate transcriptomics point of departure (tPOD) values. The objective of this study was to establish a method in rainbow trout ( Oncorhynchus mykiss ) hatchlings that could satisfy both of these interests. We based our pilot method on recent efforts by U.S. EPA researchers to establish a larval fathead minnow high throughput transcriptomics assay. Here, 1-2 day post hatch trout were assayed in 24-well plates in which they were exposed for 24 hours to 12 different concentrations of test chemicals, including a negative control (DMSO, culture water). Test concentrations were anchored with a chemical’s LC50 data from the US EPA ECOTOX database and EnviroTox database, and from this, concentrations were spaced on a half-log basis that spanned 6-7 orders of magnitude. In pilot study 1 we tested 3,4-dichloroaniline, CuSO 4 (0.34 mg/L), and ethinylestradiol. In pilot study 2 we tested 3,4-dichloroaniline (58.5 mg/L), CuSO 4 (0.34 and 0.41 mg/L), ethinylestradiol (>10 µg/L), permethrin (>10 µg/L), malathion (0.61 mg/L), 6PPD quinone (5.6 µg/L), acetaldehyde (41.2 mg/L), 4-fluoroaniline (242.7 mg/L), glyphosate (∼150 mg/L), ethanol (>1 g/L), thiamethoxam (>300 mg/L), and allyl alcohol (>30 mg/L). In both pilot studies derived LC50 values are provided in parentheses. Repeated studies of CuSO 4 yielded consistent LC50 values (0.34, 0.34, 0.41 mg/L). The correlation between LC50s from the current study for rainbow trout embryos versus those from the literature on adult rainbow trout for 7 chemicals was r 2 = 0.91. Work is underway to optimize transcriptomics assays from these samples using EcoToxChips and UPXome, with the ultimate goal to be able to derive transcriptomics points of departure. Taken together these results provide a foundation towards establishing a novel testing platform for chemical and environmental risk assessment that is much quicker (24 hrs), ethical (non-protected life stages), resource efficient (e.g., microplate-based, small volumes of chemicals), and more informative (molecular clues into MOA) than traditional bioassay approaches.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».