AnnoDash, a clinical terminology annotation dashboard
Notice bibliographique
Résumé
Background: Standard ontologies are critical for interoperability and multisite analyses of health data. Nevertheless, mapping concepts to ontologies is often done with generic tools and is labor-intensive. Contextualizing candidate concepts within source data is also done in an ad hoc manner. Methods and Results: We present AnnoDash, a flexible dashboard to support annotation of concepts with terms from a given ontology. Text-based similarity is used to identify likely matches, and large language models are used to improve ontology ranking. A convenient interface is provided to visualize observations associated with a concept, supporting the disambiguation of vague concept descriptions. Time-series plots contrast the concept with known clinical measurements. We evaluated the dashboard qualitatively against several ontologies (SNOMED CT, LOINC, etc.) by using MIMIC-IV measurements. The dashboard is web-based and step-by-step instructions for deployment are provided, simplifying usage for nontechnical audiences. The modular code structure enables users to extend upon components, including improving similarity scoring, constructing new plots, or configuring new ontologies. Conclusion: AnnoDash, an improved clinical terminology annotation tool, can facilitate data harmonizing by promoting mapping of clinical data. AnnoDash is freely available at https://github.com/justin13601/AnnoDash (https://doi.org/10.5281/zenodo.8043943).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,040 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,005 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,008 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,060 | 0,026 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».