Interspecies and spatial differences in the shell microbiome of Atlantic rock crab Cancer irrotatus and European green crab Carcinus maenas from Atlantic Canada
Notice bibliographique
Résumé
Introduction The native Atlantic rock crab (Cancer irrotatus) and the invasive European green crab (Carcinus maenas) are commercially and ecologically important crustacean species in Atlantic Canada. The importance of microbiomes for host health and ecology has been recognized in many species, although very few studies have focused on crustaceans or their external shell microbiome. This is the first-ever study to characterize and analyze the microbial communities associated with the external carapace of C. irrotatus and C. maenas. Methods Microbiome samples were collected from three locations in Atlantic Canada, processed using standard 16S Illumina MiSeq PE250 sequencing and analyzed with the open-access QIIME2 software. Results Taxonomic classification of the microbial compositions, as well as alpha- and beta diversities, reveal that the shell microbiome differs by host species between C. irrotatus and C. maenas sampled from the same location and between C. irrotatus sampled from different locations. Interestingly, the differences are greater between species at the same location than between locations for the same species. Discussion These are the first-ever results showing that the crustacean shell microbiome not only depends on geographical factors but also on intrinsic factors specific to the host species. This implies that crustaceans exert some impact on their shell microbiome, potentially selecting beneficial taxa. These are important findings that could elucidate contributing factors of crustacean shell diseases that are still poorly understood.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».