Methylation Profiling Identifies Stability of Isocitrate Dehydrogenase Mutation Over Time
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVE: Isocitrate dehydrogenase (IDH) mutation status is a key diagnostic and prognostic feature of gliomas. It is thought to occur early in glioma tumorigenesis and remain stable over time. However, there are reports documenting a loss of IDH mutation status in a subset of patients with glioma recurrence. Here, we identified patients with a documented loss of IDH mutation status longitudinally and performed multi-platform analysis in order to determine if IDH mutations are stable throughout glioma evolution. METHODS: We retrospectively identified patients from our institution from 2009 to 2018 with immunohistochemistry (IHC)-recorded IDH mutation status changes longitudinally. Archived formalin-fixed paraffin-embedded and frozen tissue samples from these patients were collected from our institution's tumour bank. Samples were analysed using methylation profiling, copy number variation, Sanger sequencing, droplet digital PCR (ddPCR) and IHC. RESULTS: We reviewed 1491 archived glioma samples including 78 patients with multiple IDH mutant tumour samples collected longitudinally. In all instances of documented loss of IDH mutation status, multi-platform profiling identified a mixture of low tumour cell content and non-neoplastic tissue including perilesional, reactive or inflammatory cells. CONCLUSIONS: All patients with a documented loss of IDH mutation status longitudinally were resolved through multi-platform analysis. These findings support the hypothesis that IDH mutations occur early in gliomagenesis and in the absence of copy number changes at the IDH loci and are stable throughout tumour treatment and evolution. Our study highlights the importance of accurate surgical sampling and the role of DNA methylome profiling in diagnostically uncertain cases for integrated pathological and molecular diagnosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».