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Enregistrement W4384023631 · doi:10.1016/j.jbc.2023.105047

Maintenance of cellular vitamin B6 levels and mitochondrial oxidative function depend on pyridoxal 5′-phosphate homeostasis protein

2023· article· en· W4384023631 sur OpenAlexaff
Jolita Čiapaitė, Carlo W.T. van Roermund, Marjolein Bosma, Johan Gerrits, Sander M. Houten, Lodewijk IJlst, Hans R. Waterham, Clara van Karnebeek, Ronald J. A. Wanders, Fried Zwartkruis, Judith Jans, Nanda M. Verhoeven‐Duif

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMetabolism and Genetic Disorders
Établissements canadiensBC Children's HospitalUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPyridoxaminePyridoxalPyridoxineBiochemistryMitochondrionOxidative phosphorylationPyridoxal phosphateChemistryBiologyMetabolismCofactorPhosphateEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Recently, biallelic variants in PLPBP coding for pyridoxal 5'-phosphate homeostasis protein (PLPHP) were identified as a novel cause of early-onset vitamin B 6 -dependent epilepsy. The molecular function and precise role of PLPHP in vitamin B 6 metabolism are not well understood. To address these questions we used PLPHP deficient patient skin fibroblasts and HEK293 cells, and YBL036C (PLPHP ortholog) deficient yeast. We showed that independent of extracellular B 6 vitamer type (pyridoxine, pyridoxamine or pyridoxal), intracellular PLP was lower in PLPHP deficient fibroblasts and HEK293 cells compared to controls. Culturing cells with pyridoxine or pyridoxamine led to the concentration-dependent accumulation of pyridoxine 5'-phosphate and pyridoxamine 5'-phosphate (PMP), respectively, suggesting insufficient pyridox(am)ine 5′-phosphate oxidase (PNPO) activity. Experiments utilizing 13 C 4 -pyridoxine confirmed lower PNPO activity and revealed increased fractional turnovers of PLP and pyridoxal, indicating increased PLP hydrolysis to pyridoxal in PLPHP deficient cells. This effect could be partly counteracted by inactivation of pyridoxal phosphatase. PLPHP deficiency had a distinct effect on mitochondrial PLP and PMP, suggesting impaired activity of mitochondrial transaminases. Moreover, in YBL036C deficient yeast PLP was depleted and PMP accumulated only with carbon sources requiring mitochondrial metabolism. Lactate and pyruvate accumulation along with the decrease of tricarboxylic acid cycle intermediates downstream of α-ketoglutarate suggested impaired mitochondrial oxidative metabolism in PLPHP deficient HEK293 cells. We hypothesize that impaired activity of mitochondrial transaminases may contribute to this depletion. Taken together, our study provides new insights into the pathomechanisms of PLPBP deficiency and reinforces the link between PLPHP function, vitamin B 6 metabolism and mitochondrial oxidative metabolism.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,007
Score d'incertitude au seuil0,501

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,220 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations28
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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