A fluorescent assay for cryptic transcription in <i>Saccharomyces cerevisiae</i> reveals novel insights into factors that stabilize chromatin structure on newly replicated chromatin
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The disruption of chromatin structure can result in transcription initiating from cryptic promoters. A well-characterized, chromatin-destabilizing stress is the passage of RNA polymerase, and numerous factors function to stabilize chromatin on transcribed genes, suppressing cryptic transcription from sites within gene bodies. DNA replication is also inherently disruptive to chromatin, and multiple replication-coupled histone chaperones suppress cryptic transcription. However, these factors also have documented roles in transcription, and thus whether DNA replication per se can activate cryptic promoters has not been directly examined. In this study, we tested the hypothesis that, in the absence of chromatin-stabilizing factors, DNA replication can promote cryptic transcription in S. cerevisiae . Using a novel fluorescent reporter assay, we show that multiple factors, including Asf1, Rtt106, Spt6, and Spt16, suppress transcription from a cryptic promoter, but are entirely or partially dispensable in G1-arrested cells, suggesting a requirement for DNA replication in chromatin disruption. Additionally, for the first time, we demonstrate modest cryptic transcription following the depletion of Rlf2/Cac1, a CAF-1 chromatin assembly complex component. Collectively, these results suggest that transcription fidelity is dependent on numerous factors that function to assemble chromatin on nascent DNA.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».