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Enregistrement W4384133453 · doi:10.1101/2023.07.12.548745

Cotton Microbiome Profiling and Cotton Leaf Curl Disease (CLCuD) Suppression through Microbial Consortia associated with <i>Gossypium arboreum</i>

2023· preprint· en· W4384133453 sur OpenAlexfundno aff
Rhea Aqueel, Ayesha Badar, Nazish Roy, Qandeel Mushtaq, Aimen Fatima Ali, Aftab Bashir, Umer Zeeshan Ijaz, K. A. Malik

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiquePlant-Microbe Interactions and Immunity
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesEngineering and Physical Sciences Research CouncilPakistan Academy of SciencesHigher Education Commission, PakistanUniversity of GlasgowUK Research and InnovationNatural Environment Research CouncilAlberta Agricultural Research InstituteSight Research UKAlexander von Humboldt-Stiftung
Mots-clésBiologyGossypiumMicrobiomeRhizospherePhyllosphereBotanyGeneticsBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The failure of breeding strategies has caused scientists to shift to other means where the new approach involves exploring the microbiome to modulate plant defense mechanisms against CLCuD. The cotton microbiome of CLCuD-resistant varieties may harbor a multitude of bacterial genera that significantly contribute to disease resistance and provide information on metabolic pathways that differ between the susceptible and resistant varieties. The current study aimed to explore the microbiome of CLCuD-susceptible Gossypium hirsutum and CLCuD-resistant Gossypium arboreum . Microbial community surveys performed using 16S rRNA gene amplification revealed that Pseudomonas inhabited the rhizosphere while Bacillus was predominantly found in the phyllosphere of CLCuV-tolerant G. arboreum . The study was done for the leaf endophyte, leaf epiphyte, rhizosphere, and root endophyte of the two cotton species. Furthermore, our disease incidence assay using pot experiments has revealed mechanistic insights through salicylic acid-producing Serratia spp . and Fictibacillus spp . isolated from CLCuD-resistant G. arboreum , which exhibited viral disease suppression and induced systemic resistance in CLCuD susceptible G. hirsutum .

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,195 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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