Genomic analysis of circulating HIV and hepatitis C virus infections and coinfections in Cameroon: 2005–2006 and 2015–2016
Notice bibliographique
Résumé
Introduction In humans, RNA viruses are responsible for a wide range of acute, chronic, emerging and re-emerging infections. Human Immunodeficiency virus (HIV) and hepatitis C virus (HCV) rank as some of the most important public health challenges affecting Africa. Methods We performed enzyme-linked immune-sorbent assays to confirm positive specimens, and the genomic characterization on two cohorts of people living with HIV in Douala and Yaoundé for the periods 2005-2006 and 2015-2016. These groups were tested for co-infection with HCV using the enzyme-linked immunosorbent assays. Viral RNA was extracted from positive patients’ plasma samples by QIAGEN method, and specific primers were used to amplify the genes of interest on HIV and HCV genomes. The amplification products were subsequently cloned and sequenced. The nucleotide sequences were aligned, genotyped and phylogenetically analyzed. Results The HIV isolate identified in this study belongs to HIV-1 group M Subtype A1. The HCV subtypes characterized in this study are 1h and 4t corresponding to the dominant strains that circulate in Cameroon. Phylogenetic analysis of the HCV NS5B gene showed that the study viruses cluster with Gabonese, Canadian, and previously sequenced viruses from Cameroon. Conclusion and perspectives These results shed light on the genetic diversity of HIV and HCV in Cameroon. Virulent HCV infections are common in Cameroon, and therefore there is a great need for further analysis of the viral evolutionary and spatio-temporal patterns.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».