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De novo missense variants in phosphatidylinositol kinase PIP5KIγ underlie a neurodevelopmental syndrome associated with altered phosphoinositide signaling
Manuela Morleo, Rossella Venditti, Evangelos A. Theodorou, Lauren C. Briere, Marion Rosello, Alfonsina Tirozzi, Roberta Tammaro, Nour Al-Badri, Frances A. High, Jiahai Shi, Maria T. Acosta, Margaret P Adam, David R. Adams, Raquel L. Alvarez, Justin Alvey, Laura M. Amendola, Ashley Andrews, Euan A. Ashley, Carlos A. Bacino, Güney Bademci, Ashok Balasubramanyam, Dustin Baldridge, Jim Bale, Michael J. Bamshad, Deborah Barbouth, Pinar Bayrak‐Toydemir, Anita E. Beck, Alan H. Beggs, Edward M. Behrens, Gill Bejerano, Hugo J. Bellen, Jimmy Bennett, Beverly Berg-Rood, Jonathan A. Bernstein, Gerard T. Berry, Anna Bican, Stephanie Bivona, Elizabeth Blue, John Bohnsack, Devon Bonner, Lorenzo D. Botto, Brenna Boyd, Gabrielle Brown, Elizabeth A. Burke, Lindsay C. Burrage, Manish J. Butte, Peter H. Byers, William E. Byrd, John C. Carey, Olveen Carrasquillo, Thomas Cassini, Ta Chen Chang, Sirisak Chanprasert, Hsiao‐Tuan Chao, Gary Clark, Terra R. Coakley, Laurel A. Cobban, Joy D. Cogan, Matthew Coggins, F. Sessions Cole, Heather A. Colley, Cynthia M. Cooper, Heidi Cope, Rosario I. Corona, William J. Craigen, Andrew B. Crouse, Michael L. Cunningham, Precilla D’Souza, Hongzheng Dai, Surendra Dasari, Joie Davis, Jyoti G. Dayal, Esteban C. Dell’Angelica, Katrina M. Dipple, Daniel Doherty, Naghmeh Dorrani, Argenia L. Doss, Emilie D. Douine, Dawn Earl, David J. Eckstein, Lisa Emrick, Christine M. Eng, Marni J. Falk, Elizabeth L. Fieg, Paul G. Fisher, Brent L. Fogel, Irman Forghani, William A. Gahl, Ian A. Glass, Bernadette R. Gochuico, Pagé C. Goddard, Rena A. Godfrey, Katie Golden‐Grant, Alana Grajewski, Don Hadley, Sihoun Hahn, Meghan C. Halley, Rizwan Hamid, Kelly Hassey, Nichole Hayes, Anne Hing, Fuki M. Hisama, Ingrid A. Holm, Jason Hom, Martha Horike‐Pyne, Alden Huang, Sarah Hutchison, Wendy J. Introne, Rosario Isasi, Kosuke Izumi, Fariha Jamal, Gail P. Jarvik, Jeffrey G. Jarvik, Suman Jayadev, Orpa Jean-Marie, Vaidehi Jobanputra, Lefkothea Karaviti, Shamika Ketkar, Dana Kiley, Gonench Kilich, Shilpa N. Kobren, Isaac S. Kohane, Jennefer N. Kohler, Susan Korrick, Mary Kozuira, Deborah Krakow, Donna M. Krasnewich, Elijah Kravets, Seema R. Lalani, Byron Lam, Christina Lam, Brendan C. Lanpher, Ian R. Lanza, Kimberly LeBlanc, Brendan Lee, Roy C. Levitt, Richard A. Lewis, Pengfei Liu, Xue Zhong Liu, Nicola Longo, Sandra K. Loo, Joseph Loscalzo, Richard L. Maas, Ellen F. Macnamara, Calum A. MacRae, Valerie V. Maduro, AudreyStephannie Maghiro, Rachel Mahoney, May Christine V. Malicdan, Laura A. Mamounas, Teri A. Manolio, Rong Mao, Kenneth R. Maravilla, Ronit Marom, Gábor Marth, Beth A. Martin, Martín G. Martín, Julián A. Martínez-Agosto, Shruti Marwaha, Jacob L. McCauley, Allyn McConkie‐Rosell, Alexa T. McCray, Elisabeth McGee, Heather C. Mefford, J. Lawrence Merritt, Matthew Might, Ghayda Mirzaa, Éva Morava, Paolo Moretti, John J. Mulvihill, Mariko Nakano‐Okuno, Stanley F. Nelson, John H. Newman, Sarah K. Nicholas, Deborah A. Nickerson, Shirley Nieves‐Rodriguez, Donna Novacic, Devin Oglesbee, James P. Orengo, Laura Pace, Stephen C. Pak, J. Carl Pallais, Christina G.S. Palmer, Jeanette C. Papp, Neil H. Parker, Jennifer E. Posey, Lorraine Potocki, Barbara N. Pusey Swerdzewski, Aaron R. Quinlan, Anna Raper, Wendy H. Raskind, Genecee Renteria, Chloe M. Reuter, Lynette Rives, Amy K. Robertson, Lance H. Rodan, Jill A. Rosenfeld, Natalie Rosenwasser, Francis Rossignol, Maura Ruzhnikov, Ralph L. Sacco, Jacinda B. Sampson, Mario Saporta, Judy Schaechter, Timothy Schedl, Kelly Schoch, Daryl A. Scott, C. Ron Scott, Vandana Shashi, Jimann Shin, Edwin K. Silverman, Janet S. Sinsheimer, Kathy Sisco, Edward C. Smith, Kevin S. Smith, Lilianna Solnica‐Krezel, Ben Solomon, Rebecca C. Spillmann, Joan M. Stoler, Kathleen E. Sullivan, Jennifer A. Sullivan, Angela Sun, Shirley Sutton, David A. Sweetser, Virginia P. Sybert, Holly K. Tabor, Queenie K.‐G. Tan, Amelia L.M. Tan, Mustafa Tekin, Fred Telischi, Willa Thorson, Cynthia J. Tifft, Camilo Toro, Alyssa A. Tran, Rachel A. Ungar, Tiina K. Urv, Adeline Vanderver, Matt Velinder, Dave Viskochil, Tiphanie P. Vogel, Colleen E. Wahl, Melissa Walker, Stephanie E Wallace, Jennifer Wambach, Jijun Wan, Lee-kai Wang, Michael F. Wangler, Patricia A. Ward, Daniel Wegner, Monika Weisz Hubshman, Mark H. Wener, Tara Wenger, Monte Westerfield, Matthew T. Wheeler, Jordan Whitlock, Lynne A. Wolfe, Kim C. Worley, Changrui Xiao, Shinya Yamamoto, John Yang, Zhe Zhang, Stephan Züchner, Vincenzo Nigro, Annalaura Torella, Carmine Spampanato, Michele Pinelli, Sandro Banfi, Alessandra Varavallo, Angelo Selicorni, Milena Mariani, Marta Massimello, Cecilia Daolio, Valeria Capra, Andrea Accogli, Marcello Scala, Vincenzo Leuzzi, Francesca Nardecchia, Serena Galosi, Mario Mastrangelo, Donatella Milani, Giuseppina Vitiello, Giulio Piluso, Corrado Romano, Pinella Failla, Donatella Greco, Chiara Pantaleoni, Claudia Ciaccio, Stefano D’Arrigo, Nicola Brunetti Pierri, Giancarlo Parenti, Antonietta Coppola, Teresa Mattina, Marcella Zollino, Simona Amenta, Albina Tummolo, Claudia Santoro, Anna Grandone, Daniele De Brasi, Antonio Varone, Livia Garavelli, Carla Marini, Stefania Bigoni, Carmelo Piscopo, Antonio Trabacca, Marta De Rinaldis, Angela Peron, Elena Putti, Luigi Ferrante, Viviana Cetrangolo, Romano Tenconi, Maria Iascone, Davide Mei, Renzo Guerrini, Jasper J. van der Smagt, Hester Y. Kroes, Koen L.I. van Gassen, Muhammad Bilal, Muhammad Umair, Tania Attié‐Bitach, Jeannine Amiel, Resham Ejaz, Pankaj B. Agrawal, Filippo Del Bene, Brunella Franco
Notice bibliographique
RevueThe American Journal of Human Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular transport and secretion
Établissements canadiensMcMaster Children's Hospital
Organismes subventionnairesCommon FundHorizon 2020Horizon 2020 Framework ProgrammeNational Institutes of HealthFondazione Cassa di Risparmio di FirenzeFondation pour la Recherche MédicaleRegione ToscanaNational Institute of Neurological Disorders and StrokeFondazione TelethonLigue Contre le CancerCenter for Clinical and Translational ResearchEuropean CommissionSeventh Framework ProgrammeEnte Cassa di Risparmio di FirenzeAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroNational Center for Advancing Translational SciencesNational Human Genome Research InstituteAgence Nationale de la Recherche
Mots-clésBiologyMissense mutationLissencephalyJoubert syndromePhosphatidylinositolMicrocephalyPhosphatidylinositol 4,5-bisphosphateGeneticsCell biologyPhenotypeKinaseGene
Résumé
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.
Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,005
Score d'incertitude au seuil0,018
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations7
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentnon