MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W4384282363 · doi:10.1101/2023.07.13.548899

An Engineered 3D Co-culture Model of Primary Macrophages and Patient-Derived Tumour Cells to Explore Cellular Responses in the Graded Hypoxic Microenvironment of Pancreatic Cancer

2023· preprint· en· W4384282363 sur OpenAlexafffund
Ileana L. Co, Chengxin Yu, Sara Lamorte, M. Teresa Ciudad, Natalie Landon‐Brace, Jose L. Cadavid, Ziting Xia, Aleksandra Fomina, Michelle Nurse, Tracy L. McGaha, Kieran R. Campbell, Alison P. McGuigan

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Cells and Metastasis
Établissements canadiensUniversity Health NetworkPrincess Margaret Cancer CentreSinai Health SystemLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésTumor microenvironmentPancreatic cancerImmune systemCancer cellCancer researchOrganoidBiologyStromal cellCancerImmunologyCell biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract In pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC), tumour associated macrophages (TAMs) are a heterogeneous immune cell population that interact with cancer cells to promote malignancy, chemo-resistance, and immunosuppression. Aside from TAMs, hypoxia is a prominent feature of PDAC that can rewire cells to survive and enhance malignancy in the tumour microenvironment (TME). Deciphering the interactions between macrophages, cancer cells and hypoxia could lead to the development of effective immune-targeted therapies for PDAC. However, there are only a few models that physiologically recapitulate the PDAC TME and allow for meaningful interrogation of cancer-immune cell interactions in hypoxia. Here, we develop a model of primary macrophages and PDAC patient organoid-derived cells by adapting TRACER, a paper-based, engineered 3D model that allows snapshot analysis of cellular response in hypoxia. In this study, we establish a direct co-culture method of primary macrophages and PDAC organoid cells in TRACER and demonstrate that TRACER co-cultures generate hypoxic gradients and show expected phenotypic responses to this hypoxic gradient. Moreover, we report for the first time in a human in vitro model that hypoxic macrophages exert a graded chemoprotective effect on gemcitabine-treated PDAC organoid cells, and that interactions between cancer cells and macrophages from the inner layers of TRACER indirectly attenuate the inflammatory response of donor-derived T-cells. Overall, the TRACER co-culture system is a novel, fully human 3D in vitro cancer-immune model for evaluating the response of macrophages and cancer cells in a hypoxic gradient.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,034
Tête enseignante GPT0,246
Écart entre enseignants0,212 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)Même sujetCancer Cells and MetastasisTravaux en français237 207