TBP facilitates RNA Polymerase I transcription following mitosis
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The TATA-box binding protein (TBP) is the sole transcription factor common in the initiation complexes of the three major eukaryotic RNA Polymerases (Pol I, II, and III). Decades of research have shown that TBP is essential for proper transcription by the three RNA Pols, though the emergence of TBP paralogs throughout evolution have expanded the complexity in RNA Pol initiation. We have previously shown that acute TBP depletion in mouse embryonic stem cells led to a global decrease in Pol III activity, consistent with the requirement of TBP in Pol III inititation. In contrast, Pol II transcription remained unaffected in the absence of TBP and its paralogs. In this report, we show that, in contrast to Pol II-transcribed genes, the TBP paralog TRF2 does not bind to Pol I promoters, and therefore cannot functionally replace TBP upon depletion. Importantly, acute TBP depletion has no major effect on Pol I occupancy or activity on ribosomal RNA genes, but TBP binding in mitosis leads to efficient Pol I reactivation following cell division. These findings provide a more nuanced role for TBP in Pol I transcription in murine embryonic stem cells. Significance The TATA-box binding protein (TBP) is a highly conserved and essential protein in eukaryotes. Decades of in vitro and yeast research have established its role in the initiation of the three main eukaryotic RNA polymerases. However, the ability to rapidly deplete proteins in vivo is revealing more nuance in the function of TBP in mammalian cells. Using this technology, we reassess the role of TBP in RNA Polymerase I (Pol I) transcription in mouse embryonic stem cells. We find that neither TBP nor its paralog TRF2 are required for Pol I recruitment or activity, but TBP binding during mitosis promotes efficient reactivation after cell division. Overall, these findings provide new evidence into the complex function of TBP in eukaryotic transcription.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».