From Asymptomatic to Symptomatic: Multiomics profiling of the temporal response of grapevine viral-mixed infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Mixed viral infections are common in grapevines. However, our understanding of the factors and signaling pathways that influence the expression of viral symptoms in mixed infections is still incomplete. In a previous study, we revealed that the presence of grapevine leafroll-associated virus species in mixed infections was randomly associated with the devel-opment of virus-like symptoms. To understand what drives the timing of these virus-like symptoms in mixed infections, we used dsRNA and total RNA sequencing and metabolomic analysis to profile the viromes, metabolites, and transcripts of grapevine leaves collected at two different times of the year (summer and autumn). We demonstrated that neither viral titre nor virome composition changes were associated with symptom expression in autumn. The total phenolic content and antioxidant capacity increased in most plants except for those with early onset symptoms. According to the results of differential gene expression analysis, cell wall biosynthesis pathways were significantly downregulated in all grapevine plants infected with grapevine leafroll-associated virus 3, grapevine asteroid mosaic-associated virus, and grape-vine Pinot gris virus. In addition, polyketide pathways were significantly upregulated in all cultivars, while flavonoid precursor (e.g. abscisic acid) production was significantly reduced in plants that expressed strong virus-like symptoms. In the ‘Vidal’ cultivar, an uncharacterized double-stranded RNA-binding protein (DRB) appears to play a critical role in the plant’s an-tiviral defences, supporting the recent hypothesis that DRBs make an important contribution to dominant antiviral responses in plants. The seasonality of the expression virus-like symptoms appears to be a consequence of the dynamic interactions between antiviral factors and viral counter-defences that occur at different developmental stages of grapevine.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».