Notice bibliographique
Résumé
Gene expression is a highly regulated process that is essential to produce diverse proteins and RNAs required for life.The transfer of genetic information from gene to protein involves many steps including transcription of DNA to pre-mRNA, pre-mRNA processing, mRNA export and translation.Errors in each of these processes can be detrimental.Damage to DNA and transcriptional stress lead to activation of well-characterized transcriptional responses.We investigated the cellular response to inhibitors of pre-mRNA splicing.We hypothesized that pre-mRNA splicing stress, like transcriptional stress, would lead to the activation of a transcriptional response.To induce splicing stress, we used isoginkgetin (IGG), a small molecule inhibitor of spliceosome assembly.We treated HCT116 cells with IGG and completed microarray analysis to identify differentially expressed transcripts induced by IGG.Pathway enrichment analysis identified three enriched pathways, two of which involved the ATF4 transcription factor.ATF4 is a component of integrated stress response (ISR), an adaptive stress response to multiple cellular stresses.We measured multiple characteristics of ISR activation including ATF4 and ATF4 dependent transcript activation and found that IGG activated ATF4 and ATF4 dependent transcripts.We used CRISPR cas9 gene editing to create an ATF4 deficient cell line and completed RNA sequencing (RNA-seq) comparing the transcriptional response of ATF4-deficient and parental cells to IGG, using thapsigargin (Tg) as a positive control for ATF4 activation.We found that the IGG response is almost entirely ATF4-dependent with only 8 of 76 differentially expressed transcripts responding similarly in parental and ATF4deficient cells while most of the ATF4-dependent transcripts were also responsive to Tg.Transcriptional and splicing stress are known to elicit cell cycle arrests.Therefore, we
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».