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Enregistrement W4384827929 · doi:10.1101/2023.07.13.548904

Systems Age: A single blood methylation test to quantify aging heterogeneity across 11 physiological systems

2023· preprint· en· W4384827929 sur OpenAlexaff
Raghav Sehgal, Yaroslav Markov, Chenxi Qin, Margarita Meer, Courtney Hadley, Aladdin H. Shadyab, Ramon Casanova, JoAnn E. Manson, Parveen Bhatti, Eileen M. Crimmins, Sara Hägg, Themistocles L. Assimes, Eric A. Whitsel, Albert Higgins‐Chen, Morgan E. Levine

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEpigenetics and DNA Methylation
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingYale University
Mots-clésEpigeneticsDNA methylationBiologySystems biologySuccessful agingBioinformaticsComputational biologyMedicineGerontologyGeneticsGene expressionGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Individuals, organs, tissues, and cells age in diverse ways throughout the lifespan. Epigenetic clocks attempt to quantify differential aging between individuals, but they typically summarize aging as a single measure, ignoring within-person heterogeneity. Our aim was to develop novel systems-based methylation clocks that, when assessed in blood, capture aging in distinct physiological systems. We combined supervised and unsupervised machine learning methods to link DNA methylation, system-specific clinical chemistry and functional measures, and mortality risk. This yielded a panel of 11 system-specific scores- Heart, Lung, Kidney, Liver, Brain, Immune, Inflammatory, Blood, Musculoskeletal, Hormone, and Metabolic. Each system score predicted a wide variety of outcomes, aging phenotypes, and conditions specific to the respective system. We also combined the system scores into a composite Systems Age clock that is predictive of aging across physiological systems in an unbiased manner. Finally, we showed that the system scores clustered individuals into unique aging subtypes that had different patterns of age-related disease and decline. Overall, our biological systems based epigenetic framework captures aging in multiple physiological systems using a single blood draw and assay and may inform the development of more personalized clinical approaches for improving age-related quality of life.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,076
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,049
Tête enseignante GPT0,290
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations45
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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