Longitudinal Variability of <i>Bifidobacterium</i> Species in the Infant Gut is Independent of Maternal Milk HMO Composition
Notice bibliographique
Résumé
The development of the infant gut microbiome is primarily influenced by the infant feeding type, with breast milk serving as the optimal source of nutrition. Breast milk contains human milk oligosaccharides (HMOs) that act as nourishment for the developing gut microbiome, potentially conferring advantages to specific bacterial species. Previous studies have demonstrated the ability of certain Bifidobacterium species to utilize individual HMOs, however a longitudinal study examining the evolving microbial community at a high resolution in the context of mothers’ milk HMO composition is lacking. Here, we explored the relationship between the HMO composition in mothers’ milk and the abundance of Bifidobacterium species in the infant gut throughout the course of early life. To enable subspecies taxonomic classification, we developed a high-throughput method for quantifying the abundance of Bifidobacterium longum subsp. infantis ( BL. infantis ; the best known HMO-utilizer) from metagenomic sequencing. We applied this method to a longitudinal cohort consisting of 21 mother-infant dyads, from whom we collected matched breast milk and infant stool samples at multiple time points during the first year of life. We observed substantial changes in the infant gut microbiome over the course of several months, while the HMO composition in mothers’ milk remained relatively stable. Bifidobacterium species were a prominent factor contributing to the variation observed among samples; however, no significant associations were found between specific HMOs in mothers’ milk and the abundance of Bifidobacterium species. Finally, the longitudinal nature of our cohort enabled us to characterize the dynamic colonization of BL. infantis in the infant gut, which surprisingly began late in the breastfeeding period. Applying our BL. infantis quantification method to additional datasets from various geographical locations, we found similar, late-colonization by BL. infantis , highlighting the importance of quantifying BL. infantis in the infant gut.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».