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Enregistrement W4384924888 · doi:10.1038/s41467-023-39262-2

Antiviral HIV-1 SERINC restriction factors disrupt virus membrane asymmetry

2023· article· en· W4384924888 sur OpenAlexafffund
Susan A. Leonhardt, Michael D. Purdy, Jonathan R. Grover, Ziwei Yang, Sandra Poulos, William E. McIntire, Elizabeth Tatham, Satchal K. Erramilli, Kamil Nosol, Kin Kui Lai, Shilei Ding, Maolin Lu, Pradeep D. Uchil, Andrés Finzi, Alan Rein, Anthony A. Kossiakoff, Walther Mothes, Mark Yeager

Notice bibliographique

RevueNature Communications · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensUniversité de MontréalCentre Hospitalier de l’Université de Montréal
Organismes subventionnairesCommon FundNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesNational Center for Research ResourcesNational Institute of General Medical SciencesCanadian Institutes of Health ResearchUniversity of VirginiaUniversity of California, San FranciscoWeill Cornell Medical CollegeNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthSimons Foundation
Mots-clésInfectivityPhospholipid scramblasePhosphatidylethanolaminePhosphatidylserineCell biologyBiologyViral membraneViral envelopeIntracellularLipid bilayerLipid bilayer fusionTransmembrane proteinPhosphatidylcholineChemistryHuman immunodeficiency virus (HIV)BiophysicsVirusBiochemistryMembraneVirologyPhospholipidReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The host proteins SERINC3 and SERINC5 are HIV-1 restriction factors that reduce infectivity when incorporated into the viral envelope. The HIV-1 accessory protein Nef abrogates incorporation of SERINCs via binding to intracellular loop 4 (ICL4). Here, we determine cryoEM maps of full-length human SERINC3 and an ICL4 deletion construct, which reveal that hSERINC3 is comprised of two α-helical bundles connected by a ~ 40-residue, highly tilted, "crossmember" helix. The design resembles non-ATP-dependent lipid transporters. Consistently, purified hSERINCs reconstituted into proteoliposomes induce flipping of phosphatidylserine (PS), phosphatidylethanolamine and phosphatidylcholine. Furthermore, SERINC3, SERINC5 and the scramblase TMEM16F expose PS on the surface of HIV-1 and reduce infectivity, with similar results in MLV. SERINC effects in HIV-1 and MLV are counteracted by Nef and GlycoGag, respectively. Our results demonstrate that SERINCs are membrane transporters that flip lipids, resulting in a loss of membrane asymmetry that is strongly correlated with changes in Env conformation and loss of infectivity.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,325
Écart entre enseignants0,297 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations38
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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