<b>Migration and standing variation in vaginal and rectal yeast populations in recurrent vulvovaginal candidiasis</b>
Notice bibliographique
Résumé
Vulvovaginal candidiasis is one of the most common vaginal and fungal infections. The majority of infections are successfully treated with antifungal drugs. However, ~ 8% of cases lead to chronic recurrent vulvovaginal candidiasis ("RVVC"), and approximately half of RVVC cases are idiopathic. Previous research has generally found closely-related isolates within vaginal and rectal populations and between subsequent infections. However, their coarse methods preclude assessing the fine-scale relationships among closely related isolates and measuring standing genetic variation, a fundamental property of populations with implications for evolutionary potential. To address this gap, we isolated 12 vaginal and 12 rectal yeast isolates during symptomatic relapse from four individuals with a history of RVVC. Three participants had Candida albicans infections, while the fourth had Nakaseomyces glabratus . All isolates were whole-genome sequenced and phenotyped. The isolates were placed into the global phylogenies, which included constructing an updated N. glabratus tree containing over 500 isolates. Multiple analyses were consistent with frequent migration between sites. Although there are extremely few comparables, C. albicans population nucleotide diversity was similar to most commensal oral and rectal populations, while N. glabratus was similar to some bloodstream infections, yet higher than others. Diversity was largely driven by single nucleotide changes; no aneuploidies were found, and although loss-of-heterozygosity tracts were common in the populations, only a single region on chr1L varied among isolates from one participant. There was very little phenotypic diversity for drug response or growth and no consistent difference between isolates from different sites for invasive growth. Combined, this study provides baseline measurements and describes analysis techniques to quantify within-population diversity. We highlight a critical need for comparable studies that use the same sampling effort, sequencing, and analysis methods to understand the interplay between selection, drift, and migration in shaping fungal microbial communities in this and other important contexts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».