National action plans for antimicrobial resistance and variations in surveillance data platforms
Notice bibliographique
Résumé
Objective To assess how national antimicrobial susceptibility data used to inform national action plans vary across surveillance platforms. MethodsWe identified available open-access, supranational, interactive surveillance platforms and cross-checked their data in accordance with the World Health Organization's (WHO's) Data Quality Assurance: module 1.We compared platform usability and completeness of time-matched data on the antimicrobial susceptibilities of four blood isolate species: Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus and Streptococcus pneumoniae from WHO's Global Antimicrobial Resistance and Use Surveillance System, European Centre for Disease Control's (ECDC's) network and Pfizer's Antimicrobial Testing Leadership and Surveillance database.Using Bland-Altman analysis, paired t-tests, and Wilcoxon signed-rank tests, we assessed susceptibility data and number of isolate concordances between platforms.Findings Of 71 countries actively submitting data to WHO, 28 also submit to Pfizer's database; 19 to ECDC; and 16 to all three platforms.Limits of agreement between WHO's and Pfizer's platforms for organism-country susceptibility data ranged from -26% to 35%.While mean susceptibilities of WHO's and ECDC's platforms did not differ (bias: 0%, 95% confidence interval: -2 to 2), concordance between organism-country susceptibility was low (limits of agreement -18% to 18%).Significant differences exist in isolate numbers reported between WHO-Pfizer (mean of difference: 674, P-value: < 0.001, and WHO-ECDC (mean of difference: 192, P-value: 0.04) platforms.Conclusion The considerable heterogeneity of nationally submitted data to commonly used antimicrobial resistance surveillance platforms compromises their validity, thus undermining local and global antimicrobial resistance strategies.Hence, we need to understand and address surveillance platform variability and its underlying mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,098 | 0,187 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».