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Enregistrement W4385605642 · doi:10.1101/2023.07.28.23293350

Assessing the role of rare pathogenic variants in heart failure progression by exome sequencing in 8,089 patients

2023· preprint· en· W4385605642 sur OpenAlexafffund
Olympe Chazara, Marie‐Pierre Dubé, Quanli Wang, Lawrence Middleton, Dimitrios Vitsios, Anna Walentinsson, Qing‐Dong Wang, Kenny M. Hansson, Christopher B. Granger, John Kjekshus, Carolina Haefliger, Jean‐Claude Tardif, Dirk S. Paul, Keren Carss

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSignaling Pathways in Disease
Établissements canadiensUniversité de MontréalMontreal Heart Institute
Organismes subventionnairesRegeneron PharmaceuticalsCanada Research ChairsAstraZenecaAlnylam PharmaceuticalsPfizerBiogenUniversité de MontréalBristol-Myers Squibb
Mots-clésBiobankExomeHeart failureExome sequencingMedicineDiseaseCandidate genePopulationBioinformaticsInternal medicineGeneGeneticsBiologyMutation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Most therapeutic development is targeted at slowing disease progression, often long after the initiating events of disease incidence. Heart failure is a chronic, life-threatening disease and the most common reason for hospital admission in people over 65 years of age. Genetic factors that influence heart failure progression have not yet been identified. We performed an exome-wide association study in 8,089 patients with heart failure across two clinical trials, CHARM and CORONA, and one population-based cohort, the UK Biobank. We assessed the genetic determinants of the outcomes ‘time to cardiovascular death’ and ‘time to cardiovascular death and/or hospitalisation’, identifying seven independent exome-wide-significant associated genes, FAM221A , CUTC , IFIT5 , STIMATE , TAS2R20 , CALB2 and BLK . Leveraging public genomic data resources, transcriptomic and pathway analyses, as well as a machine-learning approach, we annotated and prioritised the identified genes for further target validation experiments. Together, these findings advance our understanding of the molecular underpinnings of heart failure progression and reveal putative new candidate therapeutic targets.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,152
Score d'incertitude au seuil0,873

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,295
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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