Minimal impact on the resistome of children in Botswana after azithromycin treatment for acute severe diarrhoeal disease
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Mass distribution of azithromycin has been recommended to reduce under-five mortality rates in certain countries in sub-Saharan Africa. Additionally, antibiotic treatment of children with bacterial gastroenteritis holds promise for the prevention of mortality and the optimization of linear growth. However, mass administration and imprudent prescription of antibiotics can select for antibiotic-resistant bacteria in the gut microbiota of children. The long-term implications of this selection are unknown and worrisome. Our previous randomized controlled trial of children hospitalized with severe acute diarrhoeal disease in Botswana evaluated the efficacy of a test-and-treat strategy. Participants randomized to the intervention group who were found to have enterotoxigenic or enteropathogenic E. coli, Shigella, or Campylobacter detectable by a rapid qualitative multiplex PCR assay at admission were treated with azithromycin and those randomized to the control group received supportive treatment (usual care). Stool samples were collected at baseline and at 60 days. In this current study, DNA from 136 stool samples was enriched and sequenced to detect changes in the resistome, otherwise known as the collection of antibiotic resistance genes. At baseline, the gut microbiota of these children contained a diverse complement of azithromycin resistance genes that increased in prevalence in both treatment groups by 60 days. Certain 23S rRNA methyltransferases were associated with other resistance genes and mobile genetic elements, highlighting the potential for the transfer of macrolide resistance in the gut microbiome. There were other minor changes in non-azithromycin resistance genes; however, the trends were not specific to the antibiotic-treated children. In conclusion, a three-day azithromycin treatment for diarrhoea for young children in Botswana did not increase the prevalence of azithromycin-specific antibiotic resistance genes at 60 days. The gut microbiota of these children appeared primed for macrolide resistance, and repeated exposures may further select resistant bacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».