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Enregistrement W4385666626 · doi:10.1093/hmg/ddad130

Macrocephaly and developmental delay caused by missense variants in RAB5C

2023· article· en· W4385666626 sur OpenAlexafffund
Klaas Koop, Weimin Yuan, Federico Tessadori, Wilmer R. Rodriguez-Polanco, Jeremy J. Grubbs, Bo Zhang, Matt Osmond, Gail E. Graham, Sarah L. Sawyer, Erin Conboy, Francesco Vetrini, Kayla Treat, Rafał Płoski, Victor Murcia Pienkowski, Anna Kłosowska, Elizabeth L. Fieg, Joel B. Krier, Coralie Mallebranche, Alban Ziegler, Kimberly A. Aldinger, Deborah Ritter, Ellen F. Macnamara, Bonnie Sullivan, John Herriges, Joseph T. Alaimo, Catherine Helbig, Colin A. Ellis, Clare L. van Eyk, Jozef Gécz, Daniel J. Farrugia, Ikeoluwa Osei‐Owusu, Lesley C. Adès, Marie-José van den Boogaard, Sabine A. Fuchs, Jeroen Bakker, Karen Duran, Zachary Dawson, Anika Lindsey, Huiyan Huang, Dustin Baldridge, Gary A. Silverman, Barth D. Grant, David M. Raizen, Maria T. Acosta, Margaret P Adam, David R. Adams, Justin Alvey, Laura M. Amendola, Ashley Andrews, Euan A. Ashley, Mahshid S. Azamian, Carlos A. Bacino, Güney Bademci, Ashok Balasubramanyam, Jim Bale, Michael Bamshad, Deborah Barbouth, Pinar Bayrak‐Toydemir, Anita E. Beck, Alan H. Beggs, Edward M. Behrens, Gill Bejerano, Hugo J. Bellen, Jimmy Bennet, Beverly Berg-Rood, Jonathan A. Bernstein, Gerard T. Berry, Anna Bican, Stephanie Bivona, Elizabeth Blue, John Bohnsack, Devon Bonner, Lorenzo D. Botto, Brenna Boyd, Lauren C. Briere, Elly Brokamp, Gabrielle Brown, Elizabeth A. Burke, Lindsay C. Burrage, Manish J. Butte, Peter H. Byers, William E. Byrd, John C. Carey, Olveen Carrasquillo, Thomas Cassini, Ta Chen Chang, Sirisak Chanprasert, Hsiao‐Tuan Chao, Gary Clark, Terra R. Coakley, Laurel A. Cobban, Matthew Coggins, F. Sessions Cole, Heather A. Colley, Cynthia M. Cooper, Heidi Cope, William J. Craigen, Andrew B. Crouse, Michael L. Cunningham, Precilla D’Souza, Hongzheng Dai, Surendra Dasari, Joie Davis, Jyoti G. Dayal, Matthew A. Deardorff, Esteban C. Dell’Angelica, Katrina M. Dipple, Daniel Doherty, Naghmeh Dorrani, Argenia L. Doss, Emilie D. Douine, Laura Duncan, Dawn Earl, David J. Eckstein, Lisa Emrick, Christine M. Eng, Cecilia Esteves, Marni J. Falk, Liliana Fernández, Laurie C. Findley, Paul G. Fisher, Brent L. Fogel, Irman Forghani, William A. Gahl, I. S. Glass, Bernadette Gochuico, Rena A. Godfrey, Katie Golden‐Grant, Madison P. Goldrich, Alana Grajewski, Irma Gutierrez, Don Hadley, Sihoun Hahn, Rizwan Hamid, Kelly Hassey, Nichole Hayes, Frances High, Anne Hing, Fuki M. Hisama, Ingrid A. Holm, Jason Hom, Martha Horike‐Pyne, Alden Huang, Yong Huang, Wendy J. Introne, Rosario Isasi, Kosuke Izumi, Fariha Jamal, Gail P. Jarvik, Jeffrey G. Jarvik, Suman Jayadev, Orpa Jean-Marie, Vaidehi Jobanputra, Lefkothea Karaviti, J. Phillip Kennedy, Shamika Ketkar, Dana Kiley, Gonench Kilich, Shilpa N. Kobren, Isaac S. Kohane, Jennefer N. Kohler, Deborah Krakow, Donna M. Krasnewich, Elijah Kravets, Susan Korrick, Mary Koziura, Seema R. Lalani, Byron Lam, Christina Lam, Grace L. LaMoure, Brendan C. Lanpher, Ian R. Lanza, Kimberly LeBlanc, Brendan Lee, Hane Lee, Roy C. Levitt, Richard A. Lewis, Pengfei Liu, Xue Zhong Liu, Nicola Longo, Sandra K. Loo, Joseph Loscalzo, Richard L. Maas, Calum A. MacRae, Valerie V. Maduro, Rachel Mahoney, Bryan C. Mak, May Christine V. Malicdan, Laura A. Mamounas, Teri A. Manolio, Rong Mao, Kenneth R. Maravilla, Ronit Marom, Gábor Marth, Beth A. Martin, Martín G. Martín, Julián A. Martínez-Agosto, Shruti Marwaha, Jacob L. McCauley, Allyn McConkie‐Rosell, Alexa T. McCray, Elisabeth McGee, Heather C. Mefford, Justin Merritt, Matthew Might, Ghayda Mirzaa, Éva Morava, Paolo Moretti, John J. Mulvihill, Mariko Nakano‐Okuno, Stan F. Nelson, John Henry Newman, Sarah K. Nicholas, Deborah A. Nickerson, Shirley Nieves‐Rodriguez, Donna Novacic, Devin Oglesbee, James P. Orengo, Laura Pace, Stephen C. Pak, J. Carl Pallais, Christina G.S. Palmer, Jeanette C. Papp, Neil H. Parker, Jennifer E. Posey, Lorraine Potocki, Barbara N. Pusey, Aaron R. Quinlan, Wendy H. Raskind, Archana N. Raja, Anna Raper, Genecee Renteria, Chloe M. Reuter, Lynette Rives, Amy K. Robertson, Lance H. Rodan, Jill A. Rosenfeld, Natalie Rosenwasser, Francis Rossignol, Maura Ruzhnikov, Ralph L. Sacco, Jacinda B. Sampson, Mario Saporta, C. Ron Scott, Judy Schaechter, Timothy Schedl, Kelly Schoch, Daryl A. Scott, Vandana Shashi, Jimann Shin, Rebecca Signer, Edwin K. Silverman, Janet S. Sinsheimer, Kathy Sisco, Edward C. Smith, Kevin S. Smith, Emily Solem, Lilianna Solnica‐Krezel, Ben Solomon, Rebecca C. Spillmann, Joan M. Stoler, Jennifer A. Sullivan, Kathleen E. Sullivan, Angela Sun, Shirley Sutton, David A. Sweetser, Virginia P. Sybert, Holly K. Tabor, Amelia L.M. Tan, Queenie K-G Tan, Mustafa Tekin, Fred Telischi, Willa Thorson, Cynthia J. Tifft, Camilo Toro, Alyssa A. Tran, Brianna M. Tucker, Tiina K. Urv, Adeline Vanderver, Matt Velinder, Dave Viskochil, Tiphanie P. Vogel, Colleen E. Wahl, Stephanie E Wallace, Melissa Walker, Jennifer Wambach, Jijun Wan, Lee-kai Wang, Michael F. Wangler, Patricia A. Ward, Daniel Wegner, Monika Weisz‐Hubshman, Mark H. Wener, Tara Wenger, Katherine Wesseling Perry, Monte Westerfield, Matthew T. Wheeler, Jordan Whitlock, Lynne A. Wolfe, Jeremy D. Woods, Kim C. Worley, Changrui Xiao, Shinya Yamamoto, John Yang, Diane B. Zastrow, Zhe Zhang, Chunli Zhao, Stephan Züchner, Gijs van Haaften, Holger Rehmann, Tim Schedl, Peter van Hasselt

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2023
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular transport and secretion
Établissements canadiensChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesCommon FundNational Institute of Environmental Health SciencesNIH Office of the DirectorNational Human Genome Research InstituteGenome AlbertaGenome British ColumbiaOntario Genomics InstituteCanadian Institutes of Health ResearchGenome CanadaNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Institute of General Medical SciencesSt. Louis Children's HospitalChildren's Hospital of Eastern Ontario FoundationOntario GenomicsNational Institutes of HealthChildren's Hospital Foundation
Mots-clésMissense mutationBiologyRabMacrocephalyPhenotypeGTPaseEndocytic cycleGeneticsGuanine nucleotide exchange factorCell biologyGeneCell

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Rab GTPases are important regulators of intracellular vesicular trafficking. RAB5C is a member of the Rab GTPase family that plays an important role in the endocytic pathway, membrane protein recycling and signaling. Here we report on 12 individuals with nine different heterozygous de novo variants in RAB5C. All but one patient with missense variants (n = 9) exhibited macrocephaly, combined with mild-to-moderate developmental delay. Patients with loss of function variants (n = 2) had an apparently more severe clinical phenotype with refractory epilepsy and intellectual disability but a normal head circumference. Four missense variants were investigated experimentally. In vitro biochemical studies revealed that all four variants were damaging, resulting in increased nucleotide exchange rate, attenuated responsivity to guanine exchange factors and heterogeneous effects on interactions with effector proteins. Studies in C. elegans confirmed that all four variants were damaging in vivo and showed defects in endocytic pathway function. The variant heterozygotes displayed phenotypes that were not observed in null heterozygotes, with two shown to be through a dominant negative mechanism. Expression of the human RAB5C variants in zebrafish embryos resulted in defective development, further underscoring the damaging effects of the RAB5C variants. Our combined bioinformatic, in vitro and in vivo experimental studies and clinical data support the association of RAB5C missense variants with a neurodevelopmental disorder characterized by macrocephaly and mild-to-moderate developmental delay through disruption of the endocytic pathway.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: Étude de cas
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2023
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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