Computational prediction of highly conserved CD8+ and CD4+ T cell epitopes in bluetongue virus: A promising data for developing broad-spectrum bluetongue vaccine
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Bluetongue (BT) is an economically important arboviral disease of sheep, cattle, goats, and wild ruminants, particularly in America and Europe. However, it has remained uncontrolled due to the evolution of >32 serologically distinct BT virus (BTV) serotypes and the lack of broad-spectrum vaccines. While outer VP2 and VP5 proteins, involved in cell penetration, are less conserved, certain core BTV proteins NS1, NS2, NS3, and VP7 have higher amino acid conservancy. Here, using in silico epitope mapping and multiple sequence alignment, we analyzed all the antigenic BTV proteins for the presence of conserved T cell epitopes recognized by different mammals. We find that mouse Major Histocompatibility Complex-I (MHC-I) conserved epitopes are present in NS1, NS3, and VP7, and MHC-II-conserved epitopes in NS1, NS2, NS3, and VP7; and in bovines, Bovine Leukocyte antigen class-I and II-(BoLA-I & II)-conserved epitopes present in NS1, NS2, NS3, and VP7 proteins. The presence of these conserved epitopes from NS1, NS2, NS3, and VP7 proteins of BTV in the selected mammals, including bovine that is closely related to sheep, we believe they are also likely to be presented by MHCs of the primary natural host sheep. Thus, harnessing this knowledge in developing a pan-BTV vaccine would confer broad-spectrum protection against all the BTV serotypes in sheep and bovines. We are grateful for start-up funding by the Department of Microbiology and Immunology, Faculty of Medicine, Dalhousie University. PPCM wishes to acknowledge support from EU H20:20 grant ‘PALE-Blu’ (project number 727393-2).
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».