A vanishing family of commensal bacteria and its impact on host health and disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The gut microbiome plays a critical role in intestinal structure, immune homeostasis, and inflammatory diseases. The rise of these diseases in industrialized countries has been correlated with the loss of microbial diversity in the gut. One bacterial family, Muribaculaceae (Mb), is becoming a lost member in industrialized human microbiomes and many studies have correlated low Mb abundance with different disease states. Our goal is to determine how Mb depletion may be connected to disease, if introducing Mb back can ameliorate the impact of disease, and uncover immune mechanisms necessary for colonization of Mb. To study this, we developed two mouse models with complex microbiomes; one containing Mb (Mb positive), and one without Mb (Mb naïve). We evaluated intestinal structure with confocal microscopy, measured the production of short-chain fatty acids (SCFAs), and compared these mice in a Citrobacter rodentium (C. rodentium) infection model. Mice without Mb lost colonic mucus striation and had a significant drop in the production of SCFAs. Additionally, Mb positive mice had reduced C. rodentium colonization compared to mice lacking Mb. Lastly, we introduced 8 characterized Mb isolates to the Mb naïve mice to quantify immune responses by flow cytometry. We found that Mb is capable of establishing in Mb naïve mice, resulting in robust germinal centre B cell responses, yet no subsequent plasmablast accumulation in the mLN or lamina propria. Determining the mechanisms involved in disease amelioration by Mb and its impact on host immune responses is a novel research direction that could increase our understanding of colonization dynamics and highlights the potential of this bacteria as a model for microbiota therapies. Supported by grants from The W. Garfield Weston Foundation
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».