BirT: a novel primer pair for avian environmental DNA metabarcoding
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Environmental DNA metabarcoding has become a widely used technique to detect animals from environmental samples and is on the brink of being implemented into routine species monitoring. Surprisingly, birds are among the taxonomic groups which until recently, received comparably little attention in eDNA research, a fact that is changing rapidly, with the growing number of air eDNA analyses. Since birds are hardly ever the most abundant species in aquatic or terrestrial habitats, a high specificity of the employed metabarcoding primers is key to limit non-target amplifications and enable reliable detection from environmental samples. Here, we present a novel primer pair (BirT) for metabarcoding of avian environmental DNA. We optimized specificity and fragment length regarding taxonomic resolution and available sequencing technology. Additionally, we evaluated the availability of 12S reference sequences for birds and filled database gaps by generating novel 12S barcodes. Finally, we tested the applicability of this approach using field-collected eDNA samples obtained with three different filter types. These results were compared to visual observations uploaded to eBird ( www.eBird.org ) during the sampling period. Our results confirm the suitability of the BirT primer pair for bird eDNA metabarcoding with optimized fragment length, no amplification of key non-target groups, and taxonomic resolution provided by the amplified fragment. Albeit there are still substantial gaps in the 12S reference sequence database, the analysis of bird eDNA from water samples resulted in species-level taxonomic resolution for 92% of the detected taxa. All tested filter/filtration combinations delivered similar results for total read numbers per sample (mean: 613,972 ± 340,088 SD) and species detected per sample (mean: 5.5 ± 2.3 SD). Ninety-five percent of the bird detections were highly plausible and 58% confirmed by visual observations. The majority of the detected bird species was closely associated with aquatic habitats confirming the suitability of water samples for the detection of waterfowl and species inhabiting similar ecological niches via eDNA.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,004 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,004 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,007 | 0,008 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».