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Enregistrement W4385782241 · doi:10.1101/2023.08.08.552518

Aptamer-antibody chimera sensors for sensitive, rapid and reversible molecular detection in complex samples

2023· preprint· en· W4385782241 sur OpenAlexfundno aff
Dehui Kong, Nicolò Maganzini, Ian A. P. Thompson, Michael Eisenstein, H. Tom Soh

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAdvanced biosensing and bioanalysis techniques
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesStanford Maternal and Child Health Research InstituteNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMedtronic FoundationLeona M. and Harry B. Helmsley Charitable Trust
Mots-clésAptamerAnalyteBiosensorChemistryNucleic acidCombinatorial chemistryBiophysicsNanotechnologyComputational biologyMolecular biologyMaterials scienceChromatographyBiochemistryBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The development of receptors suitable for the continuous detection of analytes in complex, interferent-rich samples remains challenging. Antibodies are highly sensitive but difficult to engineer in order to introduce signaling functionality, while aptamer switches are easy to construct but often yield only modest target sensitivity. We present here the programmable antibody and DNA aptamer switch (PANDAS), which combines the best features of both systems by using a nucleic acid tether to link an analyte-specific antibody to an internal strand-displacement (ISD)-based aptamer switch that recognizes the same target. The monoclonal antibody mediates initial analyte binding due to its higher affinity; the resulting increase in local analyte concentration then leads to cooperative binding and signaling by the ISD switch. We developed a PANDAS sensor for the clotting protein thrombin and show that this design achieves 100-fold enhanced sensitivity compared to using an aptamer alone. This design also exhibits reversible binding, enabling repeated measurements with temporal resolution of ∼10 minutes, and retains excellent sensitivity even in interferent-rich samples. With future development, this PANDAS approach could enable the adaptation of existing protein-binding aptamers with modest affinity into sensors that deliver excellent sensitivity and minute-scale resolution in minimally prepared biological specimens.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,021
Tête enseignante GPT0,267
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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