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Enregistrement W4385783377 · doi:10.1101/2023.08.11.551218

Heterogeneity of radial spokes structural components and associated enzymes in <i>Tetrahymena</i> cilia

2023· preprint· en· W4385783377 sur OpenAlexaff
Marta Bicka, Avrin Ghanaeian, Corbin Black, Ewa Joachimiak, Anna Osinka, Sumita Majhi, Anna Konopka, Ewa Bulska, Khanh Huy Bui, Dorota Włoga

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2023
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBacterial Genetics and Biotechnology
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTetrahymenaCiliumTetrahymena pyriformisEnzymeComponent (thermodynamics)BiologyChemistryCell biologyBiochemistryPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Summary Radial spokes, RS1-RS2-RS3, are T-shaped, multiprotein complexes that transmit regulatory signals from central apparatus to outer doublet dyneins. RSs, especially RS3, differ in morphology, protein composition, and RS base-docked IDAs. Spokes defects alter cilia beating frequency, waveform, and amplitude leading, in humans, to primary ciliary dyskinesia and infertility. In contrast to RS1 and RS2, the protein composition of RS3 is partly resolved. Moreover, the role of particular spokes is unclear. Ciliate Tetrahymena thermophila has three Rsp3 paralogs and two or three paralogs of some other RSPs. Using multiple complementary approaches, we showed that Tetrahymena forms RS1 and RS2 subtypes having core composed of various Rsp3 paralogs and one type of Rsp3-less RS3. We elucidated proteomes of RS subtypes and identified novel RS-associated proteins, including enzymatic proteins involved in local regulation of the ADP/ATP levels and protein phosphorylation, whose presence further diversifies RSs properties and likely functions. In brief Radial spokes differ in their protein composition and architecture. Studies in a ciliate Tetrahymena revealed Rsp3 paralogs-dependent RS1 and RS2 subtypes, Rsp3-less RS3, and diversity of the RSP3 mutants’ phenotype. Known RS components and newly identified structural and enzymatic proteins were assigned to particular RSs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,222
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2023
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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